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- PDB-3my9: Crystal structure of a muconate cycloisomerase from Azorhizobium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3my9
タイトルCrystal structure of a muconate cycloisomerase from Azorhizobium caulinodans
要素Muconate cycloisomerase
キーワードISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid catabolic process / isomerase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain ...Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muconate cycloisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Azorhizobium caulinodans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Quartararo, C.E. / Ramagopal, U. / Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Miller, S. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a muconate cycloisomerase from Azorhizobium caulinodans
著者: Quartararo, C.E. / Ramagopal, U. / Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Miller, S. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7504
ポリマ－40,6091
非ポリマー1413
水97354
1
A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,99932
ポリマ－324,8738
非ポリマー1,12624
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area25550 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area99410 Å2
手法PISA
2
A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子

A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5008
ポリマ－81,2182
非ポリマー2816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.993, 127.993, 98.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細authors state that the biological unit is probable octamer

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要素

#1: タンパク質 Muconate cycloisomerase


分子量: 40609.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azorhizobium caulinodans (バクテリア)
株: ORS 571 / 遺伝子: AZC_0819 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8HTB8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 294 K / pH: 5.5
詳細: 100mM Bis-Tris pH 5.5, 300mM magnesium formate dihydrate, vapor diffusion, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 20957 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.553 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.061 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1072 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.205 20893 99.8 %-
all-20935 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2640 0 8 54 2702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.9863640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90734440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8265354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.84123100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66615445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1791523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7151.51767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1521.5727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31222809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0833921
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1654.5831
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 82 -
Rwork0.224 1422 -
obs--99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.188 Å / Origin y: 12.51 Å / Origin z: 12.933 Å
111213212223313233
T0.1383 Å2-0.0739 Å2-0.0316 Å2-0.3394 Å20.0044 Å2--0.2465 Å2
L1.5293 °21.331 °2-0.6275 °2-2.1296 °2-1.3437 °2--1.81 °2
S-0.0122 Å °-0.0467 Å °-0.228 Å °0.0089 Å °-0.186 Å °-0.45 Å °-0.0939 Å °0.653 Å °0.1982 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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