PDB-3mxq: Crystal structure of sensory box sensor histidine kinase from Vib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mxq

タイトル

Crystal structure of sensory box sensor histidine kinase from Vibrio cholerae

要素

Sensor protein

キーワード

TRANSFERASE / PSI2 / MCSG / structural genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / sensor domain / histidine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Chang, C. / Wu, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of sensory box sensor histidine kinase from Vibrio cholerae
著者: Chang, C. / Wu, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mxq.cif.gz	199.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mxq.ent.gz	170.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mxq_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mxq_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	3mxq_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	3mxq_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4grt-d 5rew-1 5rel-1 3d23-3 6h4g-d 5rgh-1 5rgo-1 1lvo-1 4yoi-d 4wme-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC87472.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Sensor protein

B: Sensor protein

C: Sensor protein

D: Sensor protein

71.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.237, 102.202, 124.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Sensor protein 分子量: 17847.512 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-136 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC_1084 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9KT21, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-Tris, 1.2 M Na/K tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.9794
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97956

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2007年6月11日
	2

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)double crystal	MAD	M	x-ray	1
2				x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.97956	1

反射

解像度: 2.78→50 Å / Num. all: 18066 / Num. obs: 18036 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 43.5

反射シェル

解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
CNS		精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.78→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 33.164 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.345
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25743	900	5 %	RANDOM
R_work	0.22547	-	-	-
obs	0.22724	16965	98.9 %	-
all	-	17864	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.76 Å²	0 Å²	0.39 Å²
2-	-	3.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3773	0	0	5	3778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.967	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.464	5	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.249	24.94	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.968	15	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.739	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.25	1.5	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.071	2	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.116	3	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.683	4.5	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.542	3	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.783→2.855 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	54	-
R_work	0.275	1143	-
obs	-	-	98.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9745	-0.6007	2.3988	3.9439	-6.9804	14.2722	0.0513	-0.2188	-0.0765	0.0423	-0.2878	-0.1852	-0.0254	0.274	0.2365	0.3834	-0.0391	0.0388	0.5242	-0.0183	0.4326	31.6475	59.2513	39.76
2	3.2378	0.0206	1.4727	2.1787	2.8789	4.5931	0.1333	-0.149	0.4145	-0.3107	-0.1748	-0.2405	-0.3957	-0.1169	0.0415	0.4277	-0.0407	0.0932	0.5203	0.0333	0.4382	30.078	82.5024	22.0009
3	7.9788	7.631	7.2787	7.3293	6.7573	8.8888	0.1875	-0.1575	0.4581	0.2408	-0.2255	0.4429	-0.0949	-0.3238	0.038	0.5219	0.0001	-0.0135	0.559	0.0171	0.5023	34.3939	81.0389	9.5271
4	5.5179	-1.0159	1.044	0.7823	-0.4334	1.8203	0.1222	-0.0627	0.0514	-0.1229	-0.0267	-0.124	0.0638	0.0192	-0.0956	0.4019	-0.0405	0.0695	0.506	0.0021	0.3933	32.7006	72.1235	14.7736
5	3.7788	-1.3844	9.2607	1.4021	-5.9018	29.793	-0.3014	-0.1778	0.1872	0.014	-0.0028	0.0067	-0.3741	-0.4108	0.3043	0.3336	-0.0236	0.0431	0.5545	0.0026	0.4405	21.3523	69.8014	23.5643
6	9.0799	-0.3793	5.1988	2.9503	-1.2629	4.5872	-0.3543	-0.1422	0.4744	-0.0676	-0.0349	-0.2227	-0.0767	0.1607	0.3892	0.4044	-0.018	0.0566	0.4931	0.0142	0.4007	41.2544	68.9909	44.1318
7	2.6743	6.6033	-1.1537	17.3851	-7.0104	18.1709	0.3639	-0.3491	-0.1357	1.172	-0.6161	-0.3696	-0.3744	0.0706	0.2523	0.3778	0.2431	0.0865	0.7873	-0.0243	0.2695	38.3442	71.5581	56.3479
8	0.3323	0.8789	-0.3333	3.523	0.0484	1.4105	-0.0109	-0.1005	0.0342	0.0074	0.0489	0.0608	0.0556	-0.0938	-0.038	0.3696	-0.0098	0.0525	0.6563	-0.0003	0.3676	32.5269	66.3662	51.0665
9	3.3887	-3.7826	-6.8774	6.8967	10.4409	22.715	-0.1162	0.0808	-0.0951	0.1627	-0.4085	0.4805	0.0602	-0.5156	0.5247	0.3681	-0.0446	0.0474	0.5182	0.0268	0.4412	13.3672	67.9476	36.0878
10	5.9031	-0.4238	-2.6955	4.3529	-0.1057	1.3022	-0.0726	-0.2046	-0.3293	-0.011	-0.0013	0.0978	0.1616	0.0382	0.0739	0.4655	-0.0391	-0.0081	0.5546	0.0233	0.393	20.6541	44.695	20.6938
11	7.8524	3.2819	-2.9089	2.5581	-1.6382	4.5003	-0.0316	0.5259	-0.1326	-0.0162	0.0831	-0.0041	0.147	-0.2034	-0.0516	0.4415	-0.0008	0.0441	0.4918	-0.0073	0.3971	20.7559	46.1766	7.2284
12	4.6057	-0.5844	0.8172	0.975	0.4745	0.5877	0.0447	-0.0757	0.1599	-0.0902	-0.0797	-0.0883	-0.032	0.1028	0.035	0.4345	-0.0592	0.0339	0.4987	0.0103	0.3407	21.3451	54.586	12.636
13	9.5143	-5.511	-12.5558	3.1949	7.2753	16.5742	-0.2458	-0.2481	-0.0831	0.1265	0.1498	0.0196	0.2852	0.328	0.096	0.3684	-0.037	0.0042	0.5504	0.0232	0.4049	28.7466	57.499	24.252
14	3.2139	-2.6248	0.746	2.6399	1.1318	6.3565	-0.002	-0.2942	-0.7907	0.0036	-0.0318	0.6773	0.1681	-0.9528	0.0337	0.4025	-0.0993	0.0676	0.6726	0.0213	0.5412	2.1855	58.5322	36.8044
15	3.6152	10.2567	5.9264	31.1579	15.4941	10.7464	-0.3144	0.1764	0.0589	-0.7295	0.5275	1.0187	-0.6937	0.5132	-0.2131	0.2819	0.0109	0.1234	0.786	0.1582	0.6664	0.8462	55.9176	49.5753
16	3.3428	-2.7027	-1.796	6.5209	0.8179	2.4696	-0.1422	-0.4288	-0.1699	0.0736	0.2374	0.1908	0.0222	0.1618	-0.0952	0.3687	-0.0297	0.0465	0.5844	0.0163	0.3518	8.6482	61.6486	46.3649

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	73 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-4 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	17 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	51 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	73 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-4 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	17 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	51 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	73 - 131
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	-4 - 16
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	17 - 50
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	51 - 72
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	73 - 131

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)