PDB-3mwg: Crystal structure of Staphylococcus aureus SirA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwg

タイトル

Crystal structure of Staphylococcus aureus SirA

要素

Iron-regulated ABC transporter siderophore-binding protein SirA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Staphylococcus aureus SirA specificity for staphyloferrin B is driven by localized conformational change
著者: Grigg, J.C. / Cheung, J. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2010年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwg.cif.gz	181.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwg.ent.gz	144.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4agu-2 4agu-3 5rdi-d 6j8n-2 5r26-d 5r3i-d 5p3y-d 5rdw-d 5p5i-d 5rdp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-regulated ABC transporter siderophore-binding protein SirA

B: Iron-regulated ABC transporter siderophore-binding protein SirA

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iron-regulated ABC transporter siderophore-binding protein SirA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Iron-regulated ABC transporter siderophore-binding protein SirA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.136, 61.513, 114.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Iron-regulated ABC transporter siderophore-binding protein SirA 分子量: 31371.432 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 54-330 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: SA0111, sirA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7A869, UniProt: A0A0H3JJC6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 24% Polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97882, 0.97947

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日
詳細: Sample to detector distance: 100 to 650 mm; Maximum vertical offset: 75mm

放射

モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97882	1
2	0.97947	1

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 34267 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3394 / Χ²: 1.001 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
2 wavelength	1	1	0.9788	4.02	-6.88
2 wavelength	1	2	0.9795	2.34	-8.27

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	43.252	0.113	0.998	0.159	1.563
2	Se	32.129	0.26	0.752	0.33	1.305
3	Se	49.252	0.516	0.323	0.38	1.875
4	Se	60	0.288	0.512	0.097	0.961

Phasing dm

FOM : 0.59 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.6 / 反射: 28808 / Reflection acentric: 27448 / Reflection centric: 1360

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-31.646	0.95	0.96	0.9	1302	1125	177
3.9-6.3	0.93	0.94	0.83	3945	3659	286
3.1-3.9	0.86	0.87	0.73	4913	4672	241
2.8-3.1	0.68	0.69	0.56	4846	4641	205
2.4-2.8	0.41	0.41	0.35	8516	8232	284
2.2-2.4	0.21	0.21	0.2	5286	5119	167

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

解像度: 2.1→31.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 7.358 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23588	1702	5 %	RANDOM
R_work	0.19188	-	-	-
obs	0.1941	32066	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.331 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4351	0	0	246	4597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4423
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.974	5962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.876	26.508	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.741	15	871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.5	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.701	1.5	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.313	2	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.099	3	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.464	4.5	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	120	-
R_work	0.21	2323	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4447	-0.1068	-0.0722	1.064	1.2571	2.0292	0.0009	-0.0003	-0.0393	0.1117	-0.0865	0.0588	0.0954	-0.1069	0.0857	0.0907	-0.0225	0.028	0.0268	-0.0049	0.0589	0.1313	2.0341	19.2415
2	0.5589	-0.6315	-0.0404	0.7262	0.0304	2.313	-0.0726	-0.0047	0.0555	0.0828	0.0339	-0.0799	-0.0116	-0.1573	0.0386	0.0106	-0.003	-0.0073	0.0674	-0.0154	0.1036	7.0813	-2.1346	-5.1988
3	1.2054	-0.1009	0.0232	1.4386	0.5118	1.739	-0.0024	-0.1272	0.0031	0.1397	0.0128	-0.183	-0.0126	0.1941	-0.0104	0.1355	-0.0021	0.0026	0.1301	0.0113	0.1425	14.3651	18.3386	34.2653
4	0.1351	-0.0611	-0.2354	1.5104	0.8203	1.8361	-0.1062	-0.1134	-0.0365	0.3743	-0.017	0.2613	0.1891	-0.0721	0.1232	0.3179	0.0112	0.0022	0.3319	0.0122	0.3213	2.3573	14.7002	51.3552
5	0.2327	0.0475	-0.1124	0.3905	-0.3355	0.8784	0.0345	-0.2425	-0.1298	0.2863	0.0163	0.2141	0.0012	-0.1976	-0.0508	0.4727	-0.0172	0.0468	0.4829	0.0325	0.4598	-5.6704	35.0884	58.4614
6	1.819	1.1545	-0.3118	0.9878	-0.2113	0.1421	-0.1333	0.3623	0.0693	-0.341	0.1207	-0.1416	-0.044	0.0861	0.0126	0.4548	0.011	0.0293	0.4308	0.0138	0.4258	7.2834	42.5699	40.1232
7	2.6787	-1.579	-1.0042	1.3019	0.6942	0.7063	-0.0712	-0.0887	0.0121	0.105	0.0069	0.3388	-0.1408	-0.2536	0.0643	0.3352	0.0505	0.0284	0.3702	0.0119	0.3758	-3.9353	32.2403	46.9423
8	1.4997	-0.0553	0.7951	0.1514	-0.0103	0.5123	-0.0265	0.357	0.0939	-0.2329	0.0284	-0.023	-0.0907	0.0624	-0.0019	0.4348	0.0072	0.0171	0.378	0.0003	0.3816	-0.5251	41.9866	42.3479
9	0.1774	-0.0829	-0.0227	0.1048	0.0608	0.0418	0.0899	0.2217	0.2075	-0.188	-0.0092	-0.1516	-0.1126	0.0511	-0.0807	0.5493	0.0189	0.0408	0.5418	0.0322	0.5668	8.089	50.0085	47.3417
10	0.793	-0.4868	0.2483	2.0837	0.6407	1.0063	-0.0816	-0.4542	0.0913	0.4795	0.0619	0.3239	-0.1275	-0.1946	0.0197	0.3576	-0.0593	0.0792	0.3436	-0.0591	0.3365	7.2688	30.6565	54.4163

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	54 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 329
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	54 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	158 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	182 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	199 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	210 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	228 - 261
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	262 - 292
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	293 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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