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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mvf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with Nitrite at pH 7.4 | ||||||
要素 | Nitrophorin-4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / heme / hemoglobin / iron / lipocalin / nitric oxide / nitrite / nitrophorin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ogata, H. / He, C. / Knipp, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Formation of the complex of nitrite with the ferriheme b beta-barrel proteins nitrophorin 4 and nitrophorin 7. 著者: He, C. / Ogata, H. / Knipp, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mvf.cif.gz | 97.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mvf.ent.gz | 73.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mvf_validation.pdf.gz | 796.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mvf_full_validation.pdf.gz | 798.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mvf_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mvf_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/3mvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/3mvf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q94734 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.75 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91892 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91892 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→30.53 Å / Num. obs: 30694 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.193 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.765 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.999 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -8.2211 Å / Origin y: -0.3259 Å / Origin z: -13.2321 Å
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