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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3muq | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a conserved functionally unknown protein from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 | ||||||
要素 | uncharacterized conserved protein | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | : / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PBP domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.053 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a conserved functionally unknown protein from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 著者: Tan, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3muq.cif.gz | 192.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3muq.ent.gz | 161.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3muq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3muq_validation.pdf.gz | 432 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3muq_full_validation.pdf.gz | 436.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3muq_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3muq_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/3muq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/3muq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. The chains A and B may form a dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26750.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP1501 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q87PK2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1M DL-malic acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97901 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月20日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97901 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→38 Å / Num. all: 38552 / Num. obs: 38552 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 1902 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.053→37.509 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.03 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.348 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.053→37.509 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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