PDB-3mu3: Crystal structure of chicken MD-1 complexed with lipid IVa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mu3

タイトル

Crystal structure of chicken MD-1 complexed with lipid IVa

要素

Protein MD-1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MD-1 / Ly86 / lipid IVa / RP105 associated protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yoon, S.I. / Hong, M. / Han, G.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of soluble MD-1 and its interaction with lipid IVa.
著者: Yoon, S.I. / Hong, M. / Han, G.W. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2010年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mu3.cif.gz	117.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mu3.ent.gz	88.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/3mu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/3mu3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mtxSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zu8-d 5u75-d 5jgq-2 5bzp-d 6d5b-10 6d5b-4 1xnt-d 6ufw-d 3edo-1 5yio-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein MD-1

B: Protein MD-1

ヘテロ分子

37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein MD-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein MD-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.465, 78.150, 101.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Protein MD-1 / Ly-86 / Lymphocyte antigen 86 分子量: 17074.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LY86, MD-1, MD1 / プラスミド: pAcGP67 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 insect cells / 参照: UniProt: Q90890
#2: 化合物	ChemComp-LP4 / 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose 分子量: 711.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₆₆NO₁₂P
#3: 化合物	ChemComp-LP5 / (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE / 脂質X 分子量: 711.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₆₆NO₁₂P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 17% PEG 2000, 100mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0333 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 12503 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.044
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 1213

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID, 3MTX

3mtx

解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 18.698 / SU ML: 0.208 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: GLYCEROL MOLECULES (GOL) FROM CRYO SOLUTION ARE MODELED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26703	612	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23213	-	-	-
obs	0.23388	11843	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.058 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2181	0	204	95	2480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.686	2.042	3288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.992	3.024	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.911	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.897	24.158	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.323	15	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.564	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.021	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.543	1.5	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.506	1.5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.472	2	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.087	3	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.75	4.5	1051

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	815	tight positional	0.06	0.05
2	2	199	tight positional	0.06	0.05
1	1	1005	loose positional	0.06	5
1	1	815	tight thermal	0.3	0.5
2	2	199	tight thermal	0.23	0.5
1	1	1005	loose thermal	0.3	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.465 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	35	-
R_work	0.267	815	-
obs	-	-	89.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6656	0.1351	2.2866	6.1721	1.2265	2.1951	-0.0137	-0.0179	0.1002	-0.2691	-0.1117	0.4662	-0.0255	0.0407	0.1254	0.055	0.0508	-0.0051	0.1689	-0.0527	0.1625	-14.316	6.417	-11.568
2	1.6368	0.3675	-0.0936	1.1837	0.0234	2.8048	0.0203	0.0499	-0.0604	0.2879	0.0426	-0.1428	-0.0628	0.032	-0.0629	0.0855	0.0354	-0.0074	0.1057	0.0086	0.1651	-4.149	0.235	-12.99
3	4.3072	1.6328	-1.3894	4.0146	0.6324	1.3781	0.0246	-0.4316	0.1384	0.249	-0.0035	-0.3745	0.083	0.0484	-0.0211	0.1251	0.0136	-0.0808	0.2987	-0.0149	0.1969	1.3	9.421	-1.543
4	2.0543	-2.7127	-2.9708	3.6294	3.5649	8.2823	-0.5899	-0.1507	0.217	0.578	0.1737	-0.3545	0.9543	-0.4869	0.4162	0.3497	-0.0039	-0.0066	0.2934	0.0127	0.3861	9.375	5.409	-16.325
5	0.203	-0.0152	-0.9766	2.8407	-1.7967	6.7548	0.0053	-0.077	-0.1205	-0.0151	-0.249	-0.2319	-0.0295	0.5312	0.2437	0.0238	0.055	0.0113	0.2516	0.0817	0.3886	0.918	1.551	-14.501
6	5.755	3.3853	-3.8937	6.1734	-3.459	5.0698	0.215	-0.2402	-0.0511	0.4789	-0.3437	-0.213	-0.2398	-0.0319	0.1287	0.0645	0.0157	-0.0608	0.1433	-0.0354	0.1084	-7.516	6.523	-3.663
7	4.0403	-1.5722	-1.3071	7.4044	0.0847	3.1769	-0.0383	0.1848	-0.2297	0.3577	0.0117	0.4485	-0.0005	-0.1112	0.0266	0.0434	-0.035	0.0034	0.1005	-0.0341	0.1376	5.275	-6.541	-26.626
8	0.7241	0.2432	-0.0944	0.2601	-0.2518	3.0923	-0.0411	-0.0473	0.0439	-0.1522	-0.0247	-0.1308	0.1585	0.1605	0.0658	0.1616	-0.0231	0.0486	0.1071	0.0219	0.2027	15.544	-0.467	-25.13
9	6.3563	-0.8107	2.5123	3.792	2.1822	2.9503	0.0971	0.5952	-0.2285	-0.2118	0.0462	-0.3168	0.0633	0.2004	-0.1433	0.1401	-0.0573	0.1144	0.265	-0.0001	0.2362	20.74	-9.46	-36.734
10	5.6723	5.824	2.0917	6.6884	-0.3799	9.8712	-0.4667	0.0587	-0.2708	-0.1349	0.0723	-0.4224	-1.2995	-0.1857	0.3944	0.2486	0.0168	-0.0437	0.238	0.0232	0.2974	29.043	-5.414	-22.081
11	1.6442	-2.4528	2.0676	4.5358	-2.9237	6.0754	0.1027	0.2227	0.1701	0.0547	-0.2276	-0.3211	0.2775	0.4562	0.1249	0.0928	-0.0501	-0.0194	0.2638	0.0536	0.3222	20.574	-1.692	-23.729
12	6.0443	-4.2476	4.3525	7.7652	-5.352	5.9259	0.2488	0.3783	-0.0615	-0.4616	-0.3207	-0.0364	0.3217	0.026	0.0718	0.0635	0.0023	0.036	0.1121	-0.0577	0.096	12.095	-6.525	-34.596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	46 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	75 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	101 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	128 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	21 - 45
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	46 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	75 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	101 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	111 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	128 - 158

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関連情報:EMDBヘッダ

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