PDB-3msd: Enzyme-Substrate interactions of IXT6, the intracellular xylanase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3msd

タイトル

Enzyme-Substrate interactions of IXT6, the intracellular xylanase of G. stearothermophilus.

要素

Intra-cellular xylanase ixt6

キーワード

HYDROLASE / intracellular xylanase

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / using IXT6 native phases since only one mutation was done, the same space group, unit cell were obtained. Doing rigid, annealing. / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Solomon, V. / Zolotnitsky, G. / Alhadeff, R. / Shoham, Y. / Shoham, G.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Enzyme-Substrate interactions of IXT6, the intracellular xylanase of G. stearothermophilus.
著者: Solomon, V. / Zolotnitsky, G. / Alhadeff, R. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2010年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3msd.cif.gz	166.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3msd.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3msd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3msd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3msd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ms8C 3msgC 3muaC 3muiC 2q8xS 1n82 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n82-2 5y3x-2 5y3x-4 3i5m-d 4l4p-d 5n3i-d 5y3x-1 5ofl-d 5y3x-6 5ofj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Intra-cellular xylanase ixt6

B: Intra-cellular xylanase ixt6

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Intra-cellular xylanase ixt6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Intra-cellular xylanase ixt6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.265, 80.993, 79.277
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Intra-cellular xylanase ixt6

分子量: 38694.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: T-6 / 遺伝子: xynA2 / プラスミド: pET9d / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09LY9, endo-1,4-beta-xylanase

#2: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose

-
非ポリマー , 4種, 641分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate pH=6.5, 1.9M soduim acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→39.48 Å / Num. all: 146371 / Num. obs: 143748 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 10.9 / 冗長度: 4.88 % / B_iso Wilson estimate: 22.7 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 19.83 / Num. unique all: 6107 / R_sym value: 0.375 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
CNS	精密化
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法: using IXT6 native phases since only one mutation was done, the same space group, unit cell were obtained. Doing rigid, annealing.
開始モデル: 2Q8X

2q8x

解像度: 1.58→39.48 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.209	6992	RANDOM
R_work	0.197	-	-
all	-	143748	-
obs	-	138364	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.74 Å²	0 Å²	-0.93 Å²
2-	-	8.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.38 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.21 Å	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→39.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5391	0	56	636	6083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	BOND LENGTHS	0.005
X-RAY DIFFRACTION	BOND ANGLES	1.3
X-RAY DIFFRACTION	DIHEDRAL ANGLES	21.8
X-RAY DIFFRACTION	IMPROPER ANGLES	0.81

LS精密化シェル

解像度: 1.58→1.61 Å / R_factor R_free error: 0.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	970	-
R_work	0.289	-	-
obs	-	6107	80.5 %

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