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- PDB-3mrf: Crystal Structure of MHC class I HLA-A2 molecule complexed with E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mrf
タイトルCrystal Structure of MHC class I HLA-A2 molecule complexed with EBV bmlf1-280-288 nonapeptide T4P variant
要素
  • 9-meric peptide from mRNA export factor EB2
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC class I (MHCクラスI分子) / HLA / IMMUNE RESPONSE (免疫応答) / NONAPEPTIDE (ペプチド) / VIRAL PEPTIDE / EPSTEIN-BARR VIRUS (エプスタイン・バール・ウイルス) / BMLF1 PROTEIN / EB2 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / mRNA transport / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / T cell receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / antibacterial humoral response / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / amyloid fibril formation / learning or memory / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like ...Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン / mRNA export factor ICP27 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Epstein-Barr virus EBV (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Trudel, E. / Gras, S. / Chouquet, A. / Debeaupuis, E. / Echasserieau, K. / Saulquin, X. / Bonneville, M. / Housset, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of MHC class I HLA-A2 molecule complexed with EBV bmlf1-280-288 nonapeptide T4P variant
著者: Trudel, E. / Gras, S. / Chouquet, A. / Debeaupuis, E. / Echasserieau, K. / Saulquin, X. / Bonneville, M. / Housset, D.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: 9-meric peptide from mRNA export factor EB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8043
ポリマ－46,8043
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.622, 79.392, 55.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 34008.711 Da / 分子数: 1 / 断片: HLA-A*0201 alpha chain, UNP resiude 25-300 / 変異: A245V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal biotin acceptor peptide sequence tag (GSLHHILDAQKMVWNHR)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA, HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90F LAQQ1 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, BETA-2 MICROGLUBULIN, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90F LAQQ1 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 9-meric peptide from mRNA export factor EB2 / 9-MERIC PEPTIDE FROM MRNA EXPORT FACTOR EB2 (BSFL2/BMLF1)


分子量: 916.202 Da / 分子数: 1
断片: EB2 PROTEIN FRAGMENT (BMLF1 280-288), UNP residues 300-308
変異: T4P / 由来タイプ: 合成
詳細: Variant of a sequence occuring in Epstein-Barr virus bmlf1 protein
由来: (合成) Epstein-Barr virus EBV (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q3KSU1
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細EBV BSFL2 AND BMLF1 ORFS ARE JOINED TO ENCODE THE EB2 PROTEIN. EB2 PROTEIN IS ALSO CALLED ...EBV BSFL2 AND BMLF1 ORFS ARE JOINED TO ENCODE THE EB2 PROTEIN. EB2 PROTEIN IS ALSO CALLED BSFL2/BMLF1, MTA OR SM.
配列の詳細THE GLCTLVAML NONAPEPTIDE WAS FIRST IDENTIFIED AS AN HLA-A2 RESTRICTED T CELL EPITOPE ON A ...THE GLCTLVAML NONAPEPTIDE WAS FIRST IDENTIFIED AS AN HLA-A2 RESTRICTED T CELL EPITOPE ON A TRUNCATED FORM OF THE EB2 PROTEIN, EXPRESSED IN VACCINIA RECOMBINANTS, LACKING THE FIRST 20 AMINO ACIDS ENCODED BY THE BSFL2 ORF (STEVEN ET AL., J. EXP. MED., 185:1605-1617 (1997)), AND NAMED BMLF1 OR VACBMLF1. THEREFORE, THIS PEPTIDE WAS NAMED BMLF1 280-288. IT CORRESPONDS TO RESIDUES 300 TO 308 OF THE FULL LENGTH EB2 PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 6000, 0.1M NaCacodylate, 0.1M NaCl, 7.5mg/ml protein conc., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18522 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 23.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.3-2.380.4013.66519176397.6
2.38-2.470.354.16659176799.4
2.47-2.570.3014.76329167499.8
2.57-2.690.2415.86347168099.8
2.69-2.820.1947.15767152599.9
2.82-2.970.1548.75499145799.2
2.97-3.150.12510.75274139799.9
3.15-3.370.09513.84973131499.4
3.37-3.640.07616.44596122199.4
3.64-3.980.05920.34175112199.4
3.98-4.450.05322.837681010100
4.45-5.140.04724.9339091299.2
5.14-6.30.04622.9285977099.4
6.3-8.910.04324.3215359699.2
8.910.02932.5102131592.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MRE

3mre


解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 5.319 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY; 10 to 20 refinement cycles with all observed reflections were performed at the end of the refinement procedure, in order to obtain the most accurate model. ...詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY; 10 to 20 refinement cycles with all observed reflections were performed at the end of the refinement procedure, in order to obtain the most accurate model. Rwork and Rfree values corresponds to the coordinates just before these very last cycles.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1782 10.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 17664 95.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.86 Å2 / Biso mean: 17.549 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å2-1.25 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 0 153 3291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1421.9254521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.245398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48522.898176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16215544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4681531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.86421962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57833178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52531359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.35841343
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 123 -
Rwork0.243 1058 -
all-1181 -
obs--86.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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