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- PDB-3mra: M3 TRANSMEMBRANE SEGMENT OF ALPHA-SUBUNIT OF NICOTINIC ACETYLCHOL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mra
タイトルM3 TRANSMEMBRANE SEGMENT OF ALPHA-SUBUNIT OF NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR FROM TORPEDO CALIFORNICA, NMR, 15 STRUCTURES
要素Acetylcholine receptor subunit alpha
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE SEGMENT M3 OF NACHR / RECEPTOR / ION-CHANNEL / TRANSMEMBRANE SEGMENT / ALPHA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Tetronarce californica (エイ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Lugovskoy, A.A. / Maslennikov, I.V. / Utkin, Y.N. / Tsetlin, V.I. / Cohen, J.B. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Spatial structure of the M3 transmembrane segment of the nicotinic acetylcholine receptor alpha subunit.
著者: Lugovskoy, A.A. / Maslennikov, I.V. / Utkin, Y.N. / Tsetlin, V.I. / Cohen, J.B. / Arseniev, A.S.
履歴
登録1997年7月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年1月13日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref
Item: _entity.pdbx_description / _entity.src_method ..._entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine receptor subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9521
ポリマ－2,9521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 25LEAST RESTRAINTS VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Acetylcholine receptor subunit alpha


分子量: 2951.613 Da / 分子数: 1 / 断片: M3 TRANSMEMBRANE SEGMENT / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetronarce californica (エイ) / 参照: UniProt: P02710

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121TOCSY
131NOESY

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試料調製

試料状態pH: 3.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DIANAGUNTERT精密化
VNMR構造決定
XEASY構造決定
DIANA構造決定
FANTOM構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINTS VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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