PDB-3mq7: Crystal Structure of Ectodomain Mutant of BST-2/Tetherin/CD317

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mq7

タイトル

Crystal Structure of Ectodomain Mutant of BST-2/Tetherin/CD317

要素

Bone marrow stromal antigen 2

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / HIV

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / response to type II interferon / B cell activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Xiong, Y. / Yang, H. / Wang, J. / Meng, W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural insight into the mechanisms of enveloped virus tethering by tetherin.
著者: Yang, H. / Wang, J. / Jia, X. / McNatt, M.W. / Zang, T. / Pan, B. / Meng, W. / Wang, H.W. / Bieniasz, P.D. / Xiong, Y.

履歴

登録	2010年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mq7.cif.gz	234.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mq7.ent.gz	202.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mq7_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mq7_full_validation.pdf.gz	518.2 KB	表示
XML形式データ	3mq7_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	3mq7_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3mq9C 3mqbC 3mqcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bone marrow stromal antigen 2

B: Bone marrow stromal antigen 2

C: Bone marrow stromal antigen 2

D: Bone marrow stromal antigen 2

E: Bone marrow stromal antigen 2

F: Bone marrow stromal antigen 2

G: Bone marrow stromal antigen 2

H: Bone marrow stromal antigen 2

I: Bone marrow stromal antigen 2

J: Bone marrow stromal antigen 2

K: Bone marrow stromal antigen 2

L: Bone marrow stromal antigen 2

ヘテロ分子

163 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Bone marrow stromal antigen 2

B: Bone marrow stromal antigen 2

C: Bone marrow stromal antigen 2

D: Bone marrow stromal antigen 2

I: Bone marrow stromal antigen 2

J: Bone marrow stromal antigen 2

K: Bone marrow stromal antigen 2

L: Bone marrow stromal antigen 2

ヘテロ分子

E: Bone marrow stromal antigen 2

F: Bone marrow stromal antigen 2

G: Bone marrow stromal antigen 2

H: Bone marrow stromal antigen 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.004, 97.156, 117.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

1

#1: タンパク質	Bone marrow stromal antigen 2 / BST-2 / Tetherin / HM1.24 antigen 分子量: 13551.396 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 47-161 / 変異: C53A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BST2 / プラスミド: pMAT9s / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q10589
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: Crystals were grown using the microbatch under-oil method by mixing protein with crystallization buffer containing 200 mM CaCl2, 100 mM HEPEs (pH 7.5), 28% PEG 400. Crystallization under oil, ...詳細: Crystals were grown using the microbatch under-oil method by mixing protein with crystallization buffer containing 200 mM CaCl2, 100 mM HEPEs (pH 7.5), 28% PEG 400. Crystallization under oil, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were grown using the microbatch under-oil method by mixing protein with crystallization buffer containing 200 mM CaCl2, 100 mM HEPEs (pH 7.5), 28% PEG 400. Crystallization under oil, ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	0.9791
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	0.9793

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9793	1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.893
1	1	-H, -K, H+L	2	0.107

反射

解像度: 2.28→39 Å / Num. all: 224181 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.07 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度: 2.28→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / R_sym value: 0.721 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.28→38.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 13.689 / SU ML: 0.143 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27017	3093	5 %	RANDOM
R_work	0.23559	-	-	-
obs	0.23736	59073	96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.535 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	74.44 Å²	0 Å²	2.81 Å²
2-	-	-3.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-70.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→38.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9180	0	2	132	9314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	9216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.399	1.953	12384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.335	3	15060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.745	5	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.051	25.61	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.443	15	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.551	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.997	6	5880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.982	6	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.171	9	9324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.962	9	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.131	16	3060

LS精密化シェル

解像度: 2.284→2.343 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	154	-
R_work	0.332	2923	-
obs	-	-	64.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1744	0.2846	0.9028	0.749	2.5486	23.3894	-0.0973	-0.0704	-0.0662	-0.0238	0.145	0.0009	1.1443	-0.4489	-0.0477	0.2919	0.1115	-0.0299	0.3925	-0.0077	0.4624	-3.954	23.698	65.239
2	0.7797	0.4562	2.515	6.6709	1.9833	20.3894	0.1894	-0.1894	0.1395	1.3923	-0.6255	-0.2942	0.8301	-0.9879	0.4361	0.4594	0.0105	-0.1288	0.4365	0.0068	0.2842	2.68	31.72	139.85
3	0.2575	0.143	-0.0292	0.3132	-1.464	17.1027	-0.2837	-0.0654	0.0629	-0.0804	0.0506	-0.1098	-0.416	0.2667	0.2332	0.3458	0.1016	-0.0305	0.3378	-0.0306	0.4571	3.446	27.66	64.951
4	1.9092	-0.8965	-3.3519	4.0541	2.0885	44.0921	0.0381	-0.2467	0.0752	0.9645	-0.1688	0.2139	0.7655	-1.2772	0.1308	0.397	-0.0188	-0.0097	0.4042	0.0062	0.2821	-1.271	25.107	140.171
5	0.3269	-0.2174	-0.2392	0.3143	0.8289	14.492	-0.2673	0.0286	0.0416	0.0765	0.0431	0.0439	-0.7491	-0.5545	0.2242	0.321	-0.0465	0.0376	0.2849	-0.0293	0.4523	-3.85	26.828	32.196
6	0.9194	-1.5649	-3.9947	3.0539	6.0448	29.3867	0.3015	0.4493	-0.0189	-0.3907	-0.9007	0.0418	0.3497	-2.2426	0.5991	0.4004	-0.0575	0.0869	0.8742	-0.1448	0.2249	3.961	15.978	-41.896
7	0.1811	-0.028	-0.2684	0.2373	-1.9438	19.1592	-0.2064	-0.0064	-0.0472	-0.0716	-0.0238	-0.0022	0.7319	0.7382	0.2302	0.3862	-0.086	0.0244	0.304	0.0123	0.416	3.911	23.522	31.95
8	1.3992	1.6119	7.7728	3.1366	7.4659	45.5864	-0.0377	-0.3195	0.1205	-0.5855	-0.5463	0.2319	-0.3569	-1.8987	0.584	0.5846	0.2867	-0.0379	1.436	-0.2341	0.3116	-0.772	22.072	-42.443
9	0.3344	-0.032	-1.3501	0.8451	-0.5325	6.4034	-0.0442	0.0021	-0.0095	0.049	-0.1719	0.0645	0.2187	-0.1552	0.2161	0.0398	-0.062	-0.0222	0.3039	-0.0146	0.4788	12.698	43.961	8.144
10	3.234	0.744	-8.21	1.0279	-1.7752	33.1182	-0.691	-0.4612	-0.1531	0.7047	0.001	-0.0964	2.3429	1.3238	0.6899	1.1665	0.2204	0.0127	0.4068	-0.0266	0.1953	7.518	49.26	82.612
11	1.4922	-0.1867	-4.4822	0.4526	1.1867	18.7626	-0.0971	-0.0394	-0.0606	0.1309	-0.1542	-0.0661	0.9419	0.3658	0.2514	0.2295	0.0495	-0.0509	0.3174	-0.0135	0.4714	16.412	36.611	8.846
12	1.0793	-1.2896	-3.5083	4.8184	6.3127	21.4173	-0.8451	0.0378	-0.2152	0.9412	-0.2681	0.7808	1.2548	-0.1534	1.1132	0.9986	-0.0762	0.1536	0.3236	-0.0998	0.3739	2.154	54.202	80.467
13	0.3086	-0.0607	2.2817	0.5843	0.1099	34.8086	0.0678	0.1143	-0.0919	-0.1622	-0.1741	-0.1047	0.2389	0.6133	0.1063	0.0634	0.0988	0.0053	0.3814	-0.0501	0.4653	18.043	43.076	-23.447
14	0.7341	0.1784	1.6116	2.0741	1.8838	26.3141	-0.1772	0.0698	0.0885	-0.1548	-0.1176	0.0597	0.0987	-0.0141	0.2948	0.3592	0.032	-0.0562	0.3143	0.0186	0.2655	8.181	39.357	-97.953
15	0.9239	0.0344	-3.6088	0.4505	0.3894	20.6605	-0.1052	0.0982	-0.1896	-0.0352	-0.2579	0.121	1.1817	-0.3117	0.363	0.1789	0.0006	-0.07	0.3522	-0.0409	0.4968	14.31	35.812	-24.153
16	2.3165	-1.8494	6.2445	1.529	-4.2744	58.4009	-0.2434	0.3618	0.072	0.1725	-0.361	-0.1325	-0.8369	1.648	0.6044	0.5377	-0.0451	0.0277	0.3827	0.0481	0.289	15.013	43.415	-98.785
17	0.0938	0.1378	0.3986	0.5084	-0.6564	15.7032	-0.0413	-0.0519	-0.0473	-0.182	-0.1681	0.1106	-0.2591	-0.7865	0.2094	0.1067	0.1677	-0.0608	0.4576	-0.0282	0.5105	13.636	7.135	89.379
18	3.0461	3.6728	11.5733	6.828	17.7938	50.1824	-0.8909	0.7004	-0.0505	-0.3361	0.3371	0.4757	-2.0987	1.9882	0.5538	0.5723	-0.2349	0.0397	0.6133	-0.1965	0.3357	10.414	-3.564	15.322
19	2.0295	0.1052	6.8174	0.4295	-0.1486	24.1787	-0.2648	0.1219	0.1261	-0.0907	-0.1842	-0.1055	-1.2296	0.4446	0.449	0.2795	0.1137	0.0584	0.363	-0.0059	0.5297	17.445	14.689	88.882
20	1.3999	1.4436	5.223	16.6645	27.84	52.8041	-0.291	-0.0338	-0.0242	0.4507	-0.4925	0.6821	-0.001	-0.5868	0.7835	0.4642	-0.2228	0.1513	0.4796	-0.2702	0.4387	3.63	-6.094	17.885
21	0.6167	-0.0431	0.129	0.4493	1.1033	6.0656	0.0474	0.0247	0.1006	0.0668	-0.165	-0.0794	-0.1253	-0.0162	0.1176	0.0482	-0.0707	0.0113	0.2962	0.0014	0.4717	20.457	7.184	120.887
22	0.4383	-0.7347	-1.7088	3.13	10.2301	52.0741	-0.4763	0.0781	-0.0898	0.6277	-0.2036	0.1174	1.6235	-1.4151	0.6798	0.6604	-0.1541	0.1038	0.4265	-0.0604	0.1872	14.043	10.283	195.919
23	1.5642	-0.4661	5.3218	0.9083	-1.4163	22.966	-0.1543	-0.0538	0.1613	0.0948	-0.3419	0.212	-1.175	-0.5377	0.4961	0.1115	0.0451	0.0172	0.3612	-0.0529	0.5099	16.625	14.786	122.158
24	2.7281	-0.7468	-5.0023	1.7544	0.9059	26.5024	-1.4326	-0.3769	-0.3936	0.5233	-0.0961	-0.1068	2.55	1.1876	1.5287	0.8175	0.1404	0.135	0.3963	0.0802	0.2756	21.081	7.341	196.445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	110 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	51 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	110 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	51 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	110 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	51 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	110 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	51 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	110 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	51 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	110 - 149
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	51 - 109
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	110 - 149
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	51 - 109
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	110 - 149
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	51 - 109
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	110 - 149
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	51 - 109
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	110 - 149
21	X-RAY DIFFRACTION	21	K	51 - 109
22	X-RAY DIFFRACTION	22	K	110 - 149
23	X-RAY DIFFRACTION	23	L	51 - 109
24	X-RAY DIFFRACTION	24	L	110 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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