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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mp4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human lyase R41M mutant | ||||||
![]() | Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase | ||||||
![]() | LYASE / Ketogenic enzyme / Human HMG-CoA lyase / R41M | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / hydroxymethylglutaryl-CoA lyase activity / ketone body biosynthetic process / Synthesis of Ketone Bodies / L-leucine catabolic process / peroxisomal matrix / mitochondrion organization / Peroxisomal protein import / lipid metabolic process / peroxisome ...hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / hydroxymethylglutaryl-CoA lyase activity / ketone body biosynthetic process / Synthesis of Ketone Bodies / L-leucine catabolic process / peroxisomal matrix / mitochondrion organization / Peroxisomal protein import / lipid metabolic process / peroxisome / manganese ion binding / mitochondrial matrix / structural molecule activity / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fu, Z. / Runquist, J.A. / Montgomery, C. / Miziorko, H.M. / Kim, J.-J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional insights into human HMG-CoA lyase from structures of Acyl-CoA-containing ternary complexes. 著者: Fu, Z. / Runquist, J.A. / Montgomery, C. / Miziorko, H.M. / Kim, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 326.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 268 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 539.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31551.631 Da / 分子数: 6 / 変異: R41M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG8K, Hepes buffer, MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→29.16 Å / Num. obs: 86402 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 28.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5896 / % possible all: 64.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2cw6 解像度: 2.2→29.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 385823.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.2952 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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