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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mnd | ||||||
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タイトル | Crystallographic analysis of the cystosolic cu/zn Superoxide dismutase from taenia solium | ||||||
![]() | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CU/ZN-SUPEROXIDE DISMUTASE / METAL-MEDIATED SELF-ASSEMBLY | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hernandez-Santoyo, A. / Rodriguez-Romero, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Cu / Zn superoxide dismutase from Taenia solium reveals metal-mediated self-assembly 著者: Hernandez-Santoyo, A. / Landa, A. / Gonzalez-Mondragon, E. / Pedraza-Escalona, M. / Parra-Unda, R. / Rodriguez-Romero, A. #1: ジャーナル: Int.J.Parasitol. / 年: 2002 タイトル: Cloning, production and characterisation of a recombinant Cu/Zn superoxide dismutase from Taenia solium. 著者: Castellanos-Gonzalez, A. / Jimenez, L. / Landa, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1to4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15613.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EXPRESSION_SYSTEM_CELLULAR_LOCATION: CYTOPLASM / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: 20% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, in hexahydrate 0.1 M Tris buffer pH 8.5 and 0.01 M Nickel (II) chloridE., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→39.64 Å / Num. obs: 13829 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 20.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1TO4 解像度: 2.2→39.64 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.96 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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