PDB-3mm3: Dye-decolorizing peroxidase (DyP) D171N in complex with cyanide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mm3

タイトル

Dye-decolorizing peroxidase (DyP) D171N in complex with cyanide

要素

DyP

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DyP / Dye-decolorizing peroxidase / beta barrel / aspartic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Sugano, Y. / Yoshida, T. / Tsuge, H.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: The catalytic mechanism of dye-decolorizing peroxidase DyP may require the swinging movement of an aspartic acid residue
著者: Yoshida, T. / Tsuge, H. / Konno, H. / Hisabori, T. / Sugano, Y.

履歴

登録	2010年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月26日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mm3.cif.gz	100.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mm3.ent.gz	74.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mm3_validation.pdf.gz	805.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mm3_full_validation.pdf.gz	807.1 KB	表示
XML形式データ	3mm3_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	3mm3_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d3qSC 3afvC 3mm1C 3mm2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kih-8 2gsu-2 4w7o-d 4w7j-2 3n0w-2 4w7n-2 5ikg-d 4w7l-2 4w7m-1 6kih-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DyP

ヘテロ分子

48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.954, 97.150, 46.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DyP / dye-decolorizing peroxidase 分子量: 47496.355 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 57-498 / 変異: D171N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ) 遺伝子: dyp / プラスミド: pTAex3 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): M-2-3 / 参照: UniProt: Q8WZK8, dye decolorizing peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 % / Mosaicity: 0.709 °
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 8000, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 75208 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 1.847 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.42	3.6	0.261	3682	1.561	1	98
1.42-1.45	3.7	0.238	3762	1.566	1	98.2
1.45-1.48	3.7	0.213	3690	1.623	1	98.3
1.48-1.51	3.7	0.189	3727	1.676	1	98.5
1.51-1.54	3.7	0.174	3724	1.687	1	98.4
1.54-1.58	3.7	0.153	3730	1.753	1	98.9
1.58-1.62	3.7	0.137	3755	1.756	1	98.8
1.62-1.66	3.7	0.122	3793	1.843	1	99
1.66-1.71	3.7	0.109	3727	1.868	1	99.1
1.71-1.76	3.8	0.093	3735	1.823	1	99.2
1.76-1.83	3.8	0.082	3765	1.881	1	99.4
1.83-1.9	3.8	0.071	3781	1.978	1	99.4
1.9-1.99	3.8	0.063	3773	1.996	1	99.6
1.99-2.09	3.8	0.055	3809	1.998	1	99.8
2.09-2.22	3.8	0.052	3792	2.062	1	99.9
2.22-2.39	3.8	0.047	3797	1.989	1	99.9
2.39-2.63	3.8	0.043	3818	1.959	1	100
2.63-3.02	3.8	0.039	3810	1.923	1	99.9
3.02-3.8	3.7	0.035	3792	2.014	1	99.2
3.8-50	3.6	0.032	3746	1.938	1	96.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	28.93 Å
Translation	3 Å	28.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2D3Q

2d3q

解像度: 1.4→48.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.187 / WR_factor R_work: 0.18 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.897 / SU B: 0.818 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.064 / SU R_free: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	3785	5 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.182	75184	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 34.27 Å² / B_iso mean: 11.256 Å² / B_iso min: 4.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3338	0	45	153	3536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.203	1.984	4756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.769	5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.14	24.908	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.44	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.669	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.587	1.5	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.104	2	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.612	3	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.511	4.5	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.399→1.435 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	269	-
R_work	0.234	5066	-
all	-	5335	-
obs	-	-	96.07 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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