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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mjl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human arginase I in complex with 2-aminoimidazole. Resolution 1.90 A. | ||||||
![]() | Arginase-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / aminoimidazole derivatives / inhibition / manganese cluster / metal coordination | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human arginase I in complex with 2-aminoimidazole. Resolution 1.90 A. 著者: Ilies, M. / Di Costanzo, L. / North, M.L. / Scott, J.A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2zavS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Drops containing 3uL of protein solution [3.5 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM 2-aminoimidazole, 100uM MnCl2] and 3uL of precipitant solution [0.1 M HEPES (pH 7.0), 28% Jeffamine] ...詳細: Drops containing 3uL of protein solution [3.5 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM 2-aminoimidazole, 100uM MnCl2] and 3uL of precipitant solution [0.1 M HEPES (pH 7.0), 28% Jeffamine] were equilibrated against a 1 mL reservoir of precipitant solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 50007 / Num. obs: 50007 / % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2ZAV 解像度: 1.9→50 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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