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万見
- PDB-3mj0: Crystal Structure of Drosophia Ago-PAZ domain in complex with 3'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mj0
タイトルCrystal Structure of Drosophia Ago-PAZ domain in complex with 3'-end 2'-O-methylated RNA
要素
  • Protein argonaute-2
  • RNA (5'-R(*CP*GP*UP*UP*AP*CP*GP*CP*(OMU))-3')
キーワードRNA/RNA BINDING PROTEIN / Argonaut / PAZ domain / 3'-end 2'-O-methylated ssRNA / RNA-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


syncytial nuclear migration / RNAi-mediated antiviral immunity against RNA virus / Post-transcriptional silencing by small RNAs / cellularization / siRNA-mediated heterochromatin formation / pole cell formation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / segment polarity determination / RNAi-mediated antiviral immune response ...syncytial nuclear migration / RNAi-mediated antiviral immunity against RNA virus / Post-transcriptional silencing by small RNAs / cellularization / siRNA-mediated heterochromatin formation / pole cell formation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / segment polarity determination / RNAi-mediated antiviral immune response / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional regulation by small RNAs / neuronal ribonucleoprotein granule / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / piRNA processing / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC-loading complex / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / siRNA binding / RISC complex / miRNA binding / negative regulation of viral genome replication / RNA endonuclease activity / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / defense response to virus / single-stranded RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 ...paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.306 Å
データ登録者Huang, Y. / Ding, L. / Ma, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of drosophila Ago2 PAZ domain in complex with 3'-end 2'-O-methylated RNA
著者: Huang, Y. / Ding, L. / Ma, J.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-2
B: RNA (5'-R(*CP*GP*UP*UP*AP*CP*GP*CP*(OMU))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9802
ポリマ－16,9802
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.211, 116.796, 38.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-2


分子量: 14157.182 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 601-723, PAZ domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: AGO2, CG7439 / プラスミド: pET28-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q9VUQ5
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*UP*UP*AP*CP*GP*CP*(OMU))-3')


分子量: 2822.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence was synthesized.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 50 mM MES, pH 5.8, 100 mM ammonium sulfate, 10 mM MgCl2, 16% PEG 8000 and 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月26日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 7212 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 35.04
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 5.578 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R6Z

1r6z


解像度: 2.306→25.785 Å / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.94 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2743 337 4.68 %
Rwork0.2218 --
obs0.2244 7202 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.515 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4547 Å20 Å2-0 Å2
2--0.0596 Å20 Å2
3----0.5143 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.306→25.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 186 0 33 1170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5021609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.807445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.306-2.90470.34161650.27583364X-RAY DIFFRACTION100
2.9047-25.78640.2551720.20623501X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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