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- PDB-3mgf: Crystal Structure of Monomeric Kusabira-Orange (MKO), Orange-Emit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgf
タイトルCrystal Structure of Monomeric Kusabira-Orange (MKO), Orange-Emitting GFP-like Protein, at pH 7.5
要素Fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Verrillofungia concinna (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ebisawa, T. / Yamamura, A. / Ohtsuka, J. / Kameda, Y. / Hayakawa, K. / Nagata, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Monomeric Kusabira-Orange (MKO), Orange-Emitting GFP-like Protein, at pH 7.5
著者: Ebisawa, T. / Yamamura, A. / Ohtsuka, J. / Kameda, Y. / Hayakawa, K. / Nagata, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2010年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein
B: Fluorescent protein
C: Fluorescent protein
D: Fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9324
ポリマ－98,9324
非ポリマー00
水15,331851
1
A: Fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7331
ポリマ－24,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7331
ポリマ－24,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7331
ポリマ－24,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7331
ポリマ－24,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.520, 83.760, 82.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein / Orange-Emitting GFP-like Protein


分子量: 24732.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Verrillofungia concinna (無脊椎動物)
遺伝子: mKO / プラスミド: MODIFIED PET-28(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q6I7B2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M L-Proline, 0.1M HEPES, 10%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 79034 / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZMW

2zmw


解像度: 1.8→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.162 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 3963 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.169 79012 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.06 Å2 / Biso mean: 17.364 Å2 / Biso min: 5.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6787 0 0 851 7638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0216974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1151.9699404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9865836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72623.846312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.741151176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8661532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2811.54192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13826740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.57932782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5384.52664
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 264 -
Rwork0.18 5493 -
all-5757 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2054-0.1140.0550.8761-0.16440.06210.0387-0.0521-0.0035-0.141-0.1113-0.02980.0290.02490.07270.06840.02710.02240.0440.01380.032120.477-10.61224.374
20.1860.03090.12040.7291-0.00490.33150.0001-0.04820.0006-0.0713-0.03710.0722-0.0324-0.00570.0370.04580.0085-0.00390.0534-0.0060.02840.14811.47424.07
30.2654-0.188-0.12250.56680.16970.1784-0.0397-0.0082-0.0511-0.04840.0138-0.0422-0.01910.00580.02590.0692-0.00670.02630.0433-0.00830.024433.571-10.611-14.188
40.30680.12120.01230.8715-0.10970.09970.0252-0.08550.0752-0.1014-0.05410.130.04780.04140.02880.0443-0.0031-0.00610.0455-0.01440.043813.41311.472-11.962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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