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- PDB-3mgd: Crystal Structure of predicted acetyltransferase with acetyl-CoA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgd
タイトルCrystal Structure of predicted acetyltransferase with acetyl-CoA from Clostridium acetobutylicum at the resolution 1.9A, Northeast Structural Genomics Consortium Target CaR165
要素Predicted acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / N-acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Predicted acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target CaR165
著者: Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted acetyltransferase
B: Predicted acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6524
ポリマ－37,0332
非ポリマー1,6192
水5,278293
1
A: Predicted acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Predicted acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6524
ポリマ－37,0332
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7940 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
2
B: Predicted acetyltransferase
ヘテロ分子

B: Predicted acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6524
ポリマ－37,0332
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.933, 56.341, 99.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Predicted acetyltransferase


分子量: 18516.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
遺伝子: CA_C0160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q97MN4
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 0.1M HEPES, 10% PEG8000, 10 mM CoA, microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97853
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月3日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 48682 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.69 Å / SU ML: 0.22 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 1274 5.09 %
Rwork0.1798 --
obs0.1823 26309 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.37 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3204 Å21.1877 Å2-4.5082 Å2
2---0 Å22.9333 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 102 293 2893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1483673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.1571105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.017463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8987-1.97470.25931600.19172551X-RAY DIFFRACTION98
1.9747-2.06460.30621320.19072641X-RAY DIFFRACTION99
2.0646-2.17340.241410.18472621X-RAY DIFFRACTION99
2.1734-2.30950.24011320.18792630X-RAY DIFFRACTION99
2.3095-2.48770.25621310.18432663X-RAY DIFFRACTION100
2.4877-2.73790.23441510.19392646X-RAY DIFFRACTION100
2.7379-3.13360.21311350.18252680X-RAY DIFFRACTION100
3.1336-3.94640.24371310.16142657X-RAY DIFFRACTION100
3.9464-28.69740.18971610.17272670X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.2773 Å / Origin y: 28.6964 Å / Origin z: 25.3519 Å
111213212223313233
T0.102 Å2-0.0206 Å20.0025 Å2-0.0714 Å2-0.0008 Å2--0.1102 Å2
L0.1639 °2-0.1161 °2-0.228 °2-0.0147 °20.1118 °2--1.2178 °2
S-0.0357 Å °0.0117 Å °-0.0123 Å °0.0087 Å °-0.0004 Å °-0.015 Å °0.0575 Å °0.0097 Å °0.0341 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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