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万見
- PDB-3mg4: Structure of yeast 20S proteasome with Compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mg4
タイトルStructure of yeast 20S proteasome with Compound 1
要素(Proteasome component ...) x 14
キーワードHYDROLASE / 20S proteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LXT / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 ...Chem-LXT / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Sintchak, M.D.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Characterization of a new series of non-covalent proteasome inhibitors with exquisite potency and selectivity for the 20S beta5-subunit.
著者: Blackburn, C. / Gigstad, K.M. / Hales, P. / Garcia, K. / Jones, M. / Bruzzese, F.J. / Barrett, C. / Liu, J.X. / Soucy, T.A. / Sappal, D.S. / Bump, N. / Olhava, E.J. / Fleming, P. / Dick, L.R. ...著者: Blackburn, C. / Gigstad, K.M. / Hales, P. / Garcia, K. / Jones, M. / Bruzzese, F.J. / Barrett, C. / Liu, J.X. / Soucy, T.A. / Sappal, D.S. / Bump, N. / Olhava, E.J. / Fleming, P. / Dick, L.R. / Tsu, C. / Sintchak, M.D. / Blank, J.L.
履歴
登録2010年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年5月10日Group: Data collection
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome component Y7
B: Proteasome component Y13
C: Proteasome component PRE6
D: Proteasome component PUP2
E: Proteasome component PRE5
F: Proteasome component C1
G: Proteasome component C7-alpha
H: Proteasome component PUP1
I: Proteasome component PUP3
J: Proteasome component C11
K: Proteasome component PRE2
L: Proteasome component C5
M: Proteasome component PRE4
N: Proteasome component PRE3
O: Proteasome component Y7
P: Proteasome component Y13
Q: Proteasome component PRE6
R: Proteasome component PUP2
S: Proteasome component PRE5
T: Proteasome component C1
U: Proteasome component C7-alpha
V: Proteasome component PUP1
W: Proteasome component PUP3
X: Proteasome component C11
Y: Proteasome component PRE2
Z: Proteasome component C5
1: Proteasome component PRE4
2: Proteasome component PRE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)706,04942
ポリマ－704,20628
非ポリマー1,84314
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area121560 Å2
ΔGint-438 kcal/mol
Surface area214000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.561, 300.791, 144.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12B
22P
13C
23Q
14D
24R
15E
25S
16F
26T
17G
27U
18H
28V
19I
29W
110J
210X
111K
211Y
112L
212Z
113M
2131
114N
2142

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEUAA4 - 2361 - 250
21METMETLEULEUOO4 - 2361 - 250
12GLYGLYTHRTHRBB4 - 2391 - 244
22GLYGLYTHRTHRPP4 - 2391 - 244
13GLYGLYGLNGLNCC7 - 2431 - 241
23GLYGLYGLNGLNQQ7 - 2431 - 241
14ASPASPGLUGLUDD9 - 2441 - 242
24ASPASPGLUGLURR9 - 2441 - 242
15PHEPHEILEILEEE4 - 2331 - 233
25PHEPHEILEILESS4 - 2331 - 233
16GLYGLYASNASNFF5 - 2411 - 244
26GLYGLYASNASNTT5 - 2411 - 244
17ALAALAASPASPGG6 - 2401 - 243
27ALAALAASPASPUU6 - 2401 - 243
18THRTHRASPASPHH1 - 2231 - 222
28THRTHRASPASPVV1 - 2231 - 222
19SERSERASPASPII-8 - 1941 - 204
29SERSERASPASPWW-8 - 1941 - 204
110METMETGLNGLNJJ-1 - 1931 - 198
210METMETGLNGLNXX-1 - 1931 - 198
111THRTHRGLYGLYKK2 - 2112 - 212
211THRTHRGLYGLYYY2 - 2112 - 212
112GLNGLNASPASPLL-9 - 1941 - 222
212GLNGLNASPASPZZ-9 - 1941 - 222
113THRTHRILEILEMM-8 - 2111 - 233
213THRTHRILEILE1AA-8 - 2111 - 233
114THRTHRLEULEUNN1 - 1871 - 186
214THRTHRLEULEU2BA1 - 1871 - 186

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

-
要素

-
Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2

#1: タンパク質 Proteasome component Y7 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome component Y13 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome component PRE6 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome component PUP2 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome component PRE5 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome component C1 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome component C7-alpha / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 Proteasome component PUP1 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome component PUP3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3


分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome component C11 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome component PRE2 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome component C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome component PRE4 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome component PRE3 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#15: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-LXT / (2S)-2-amino-N-[(1S)-1-({(1S)-1-[(4-methylbenzyl)carbamoyl]-3-phenylpropyl}carbamoyl)-3-phenylpropyl]-4-phenylbutanamide


分子量: 604.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H44N4O3
#17: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM MES, 40 mM MgOAc, 15% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 10 mM EDTA, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→150.76 Å / Num. obs: 177491 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
3.11-3.252.70.30561.2
3.25-3.383.40.27783.9
3.38-3.543.70.23995.9
3.54-3.724.10.20899.7
3.72-3.964.30.178100
3.96-4.264.40.142100
4.26-4.694.40.113100
4.69-5.374.40.099100
5.37-6.764.40.095100
6.76-504.30.05899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F16

2f16


解像度: 3.11→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.437 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25004 3565 2 %RANDOM
Rwork0.20339 ---
obs0.20432 173803 93.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.88 Å20 Å2-1.74 Å2
2---6.5 Å20 Å2
3---2.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49548 0 124 0 49672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02250584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.96568400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83556340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17724.4082264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.663158780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.79315288
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.27688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02138050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4131.531523
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.782250694
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5324.517706
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1915MEDIUM POSITIONAL0.740.5
1A1915MEDIUM THERMAL0.292
2B1905MEDIUM POSITIONAL0.270.5
2B1905MEDIUM THERMAL0.232
3C1891MEDIUM POSITIONAL0.30.5
3C1891MEDIUM THERMAL0.32
4D1840MEDIUM POSITIONAL0.520.5
4D1840MEDIUM THERMAL0.262
5E1756MEDIUM POSITIONAL0.320.5
5E1756MEDIUM THERMAL0.232
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6F1877MEDIUM THERMAL0.232
7G1897MEDIUM POSITIONAL0.520.5
7G1897MEDIUM THERMAL0.242
8H1685MEDIUM POSITIONAL0.170.5
8H1685MEDIUM THERMAL0.282
9I1581MEDIUM POSITIONAL0.260.5
9I1581MEDIUM THERMAL0.232
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11K1637MEDIUM POSITIONAL0.190.5
11K1637MEDIUM THERMAL0.242
12L1757MEDIUM POSITIONAL0.920.5
12L1757MEDIUM THERMAL0.352
13M1807MEDIUM POSITIONAL0.330.5
13M1807MEDIUM THERMAL0.252
14N1512MEDIUM POSITIONAL0.760.5
14N1512MEDIUM THERMAL0.352
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.195 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 143 -
Rwork0.303 7416 -
obs--54.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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