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万見
- PDB-3mf7: Crystal Structure of (R)-oxirane-2-carboxylate inhibited cis-CaaD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mf7
タイトルCrystal Structure of (R)-oxirane-2-carboxylate inhibited cis-CaaD
要素Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
キーワードHYDROLASE / beta-alpha-beta motif / tautomerase / dehalogenase / cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase / Isomerase
機能・相同性Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
機能・相同性情報
生物種coryneform bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Guo, Y. / Serrano, H. / Ernst, S.R. / Johnson Jr., W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of native and inactivated cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase: Implications for the catalytic and inactivation mechanisms.
著者: Guo, Y. / Serrano, H. / Johnson, W.H. / Ernst, S. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録2010年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7331
ポリマ－16,7331
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1983
ポリマ－50,1983
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
Buried area7110 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.783, 96.783, 96.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-243-

HOH

21A-244-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase


分子量: 16732.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-118 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) coryneform bacterium (バクテリア)
遺伝子: cis-caaD / プラスミド: pET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
参照: UniProt: Q6VPE5, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: three micro liter of 15.6mg/mL cis-CaaD protein sample mixed with three micro liter crystallization solution: 0.125 M CaCl2, 0.07 M sodium acetate buffer, 12.5% isopropanol, hanging drop, temperature 298K, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月25日
放射モノクロメーター: BLUE MAX-FLUX OPTICAL SYSTEM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 19123 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 3.096 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.62-1.684.40.24117512.11791.2
1.68-1.754.60.20319232.289100
1.75-1.824.70.16619122.5899.9
1.82-1.924.40.13318742.97499.5
1.92-2.044.60.10619353.347100
2.04-2.24.70.08619323.39699.9
2.2-2.424.10.07419043.78199.4
2.42-2.774.80.06419373.459100
2.77-3.494.80.05219623.566100
3.49-504.60.04319933.33699.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MF8

3mf8


解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.282 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 935 5.2 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 17952 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.24 Å2 / Biso mean: 9.866 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数923 0 0 117 1040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9311259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2885116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.67923.8347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53415147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.029157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8641.5596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2822922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2813372
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.384.5337
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 65 -
Rwork0.21 1251 -
all-1316 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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