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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mel
タイトルCrystal Structure of Thiamin pyrophosphokinase family protein from Enterococcus faecalis, Northeast Structural Genomics Consortium Target EfR150
要素Thiamin pyrophosphokinase family protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine diphosphokinase / thiamine diphosphokinase activity / thiamine binding / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold ...: / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / Thiamine diphosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 2.788 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abasidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Zhao, L. / Everett, J.K. ...Kuzin, A. / Abasidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target EfR150
著者: Kuzin, A. / Abasidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. ...著者: Kuzin, A. / Abasidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamin pyrophosphokinase family protein
B: Thiamin pyrophosphokinase family protein
C: Thiamin pyrophosphokinase family protein
D: Thiamin pyrophosphokinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,81619
ポリマ－101,5084
非ポリマー1,30815
水1086
1
A: Thiamin pyrophosphokinase family protein
B: Thiamin pyrophosphokinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,44411
ポリマ－50,7542
非ポリマー6909
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
2
C: Thiamin pyrophosphokinase family protein
D: Thiamin pyrophosphokinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3728
ポリマ－50,7542
非ポリマー6186
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.286, 102.112, 94.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細dimer,52.62 kD,96%

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要素

#1: タンパク質
Thiamin pyrophosphokinase family protein


分子量: 25377.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EF_3117 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q82ZE3
#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: MgSO4 - 0.15M, Bis-Tris 0.1M, PEG8K 16%, ATP, MgCl2, thiamine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.788→50 Å / Num. obs: 56964 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MRSADRickShaw server位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: molecular replacementSAD
開始モデル: GtR2

解像度: 2.788→48.53 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 1475 5.09 %
Rwork0.2075 --
obs0.2109 29000 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.874 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.788→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6780 0 73 6 6859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2689554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5532612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7883-2.87830.30141360.26772337X-RAY DIFFRACTION94
2.8783-2.98110.39981340.26992496X-RAY DIFFRACTION99
2.9811-3.10050.31621540.25272491X-RAY DIFFRACTION99
3.1005-3.24160.29091080.22812520X-RAY DIFFRACTION100
3.2416-3.41240.26451330.21252509X-RAY DIFFRACTION100
3.4124-3.62620.29711270.21532526X-RAY DIFFRACTION100
3.6262-3.9060.25381260.1972520X-RAY DIFFRACTION100
3.906-4.29890.22861390.17712480X-RAY DIFFRACTION100
4.2989-4.92040.20951200.14912552X-RAY DIFFRACTION100
4.9204-6.19720.29471550.19012521X-RAY DIFFRACTION100
6.1972-48.53720.24541430.20822573X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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