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- PDB-3mdi: Crystal Structure of the 25kDa Subunit of Human Cleavage factor I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mdi
タイトルCrystal Structure of the 25kDa Subunit of Human Cleavage factor Im in complex with RNA UGUAAA
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
  • RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*AP*A)-3')
キーワードRNA binding/RNA / CPSF5 / CF Im / mRNA processing / cleavage factor / Nudix protein / protein-RNA complex / RNA binding protein / RNA binding-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pro-B cell differentiation / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing ...positive regulation of pro-B cell differentiation / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / paraspeckles / RNA Polymerase II Transcription Termination / post-transcriptional regulation of gene expression / protein heterotetramerization / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / protein tetramerization / centriolar satellite / histone deacetylase binding / mRNA processing / cell differentiation / nuclear body / mRNA binding / centrosome / chromatin binding / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cleavage/polyadenylation specificity factor subunit 5 / Nucleotide hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Yang, Q. / Gilmartin, G.M. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis of UGUA recognition by the Nudix protein CFI(m)25 and implications for a regulatory role in mRNA 3' processing.
著者: Yang, Q. / Gilmartin, G.M. / Doublie, S.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
C: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6035
ポリマ－54,4193
非ポリマー1842
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.362, 72.037, 96.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 25 kDa subunit / CPSF 25 kDa subunit / Pre-mRNA ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 25 kDa subunit / CPSF 25 kDa subunit / Pre-mRNA cleavage factor Im 25 kDa subunit / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 21 / Nudix motif 21


分子量: 26259.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFIM25, CPSF25, CPSF5, NUDT21 / プラスミド: His6-MBP fusion vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: O43809
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1900.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 25% PEG 8000, 0.2M Sodium phosphate pH 4.9, 0.1M Sodium acetate pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MAR mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.074
反射解像度: 2.07→20 Å / Num. obs: 30752 / % possible obs: 99.511 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 31.081 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 14.82
反射 シェル解像度: 2.07→2.15 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured obs: 35077 / Num. unique all: 6307 / Num. unique obs: 6086 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BHO

3bho


解像度: 2.07→19.937 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.821 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: Twin law: k,h,-l, Twin percentage 0.074
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3808 6.56 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.183 30752 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.575 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 67.27 Å2 / Biso mean: 26.139 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.135 Å2-0 Å20 Å2
2--0.796 Å2-0 Å2
3---2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→19.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 126 12 277 3749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.134949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2311382
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.07-2.1070.3171890.2762584277389
2.107-2.1450.2651880.2362698288693
2.145-2.1860.2551920.2282749294193
2.186-2.2310.281900.2192715290593
2.231-2.2790.3211850.2182690287594
2.279-2.3320.2891930.2212726291993
2.332-2.390.2491750.2162754292994
2.39-2.4550.291910.2132721291293
2.455-2.5270.2581930.2072692288593
2.527-2.6080.2811890.2032728291794
2.608-2.7010.2631870.1972710289794
2.701-2.8090.2641840.2042739292394
2.809-2.9360.2551940.1972701289593
2.936-3.0910.2231960.1842738293493
3.091-3.2830.2151860.1722717290394
3.283-3.5350.2151840.1642728291294
3.535-3.8880.2321920.1452721291393
3.888-4.4440.1781880.1292726291494
4.444-5.5730.1681960.1292702289893
5.573-18.5820.2131980.1792712291093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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