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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mcr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NADH dehydrogenase subunit C (Tfu_2693) from THERMOBIFIDA FUSCA YX-ER1 at 2.65 A resolution | ||||||
![]() | NADH dehydrogenase, subunit C | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of NADH dehydrogenase subunit C (Tfu_2693) from THERMOBIFIDA FUSCA YX-ER1 at 2.65 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2fugS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24004.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Genomic DNA from the protease deficient ER1 strain derived form Thermobifida fusca YX was a gift from David B. Wilson at Cornell University. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.0000M 1,6-Hexanediol, 0.0100M CoCl2, 0.1M Acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→48.97 Å / Num. obs: 8611 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.95 % / Biso Wilson estimate: 82.093 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 25.89 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2fug 解像度: 2.65→48.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 22.045 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3.COBALT (CO) AND 1,6-HEXANEDIOL (HEZ) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION WERE MODELED INTO ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3.COBALT (CO) AND 1,6-HEXANEDIOL (HEZ) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. THE MODELING OF COBALT IS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS. 4. THE ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE N-TERMINAL 59 RESIDUES WAS DISORDERED AND THIS REGION COULD NOT BE MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.72 Å2 / Biso mean: 40.196 Å2 / Biso min: 19.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 53.536 Å / Origin y: 41.0403 Å / Origin z: 31.0986 Å
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