[日本語] English
万見
- PDB-3ma8: Crystal structure of CGD1_2040, a pyruvate kinase from cryptospor... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ma8
タイトルCrystal structure of CGD1_2040, a pyruvate kinase from cryptosporidium Parvum
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / cryptosporidium parvum / parasitology / pyruvate kiase / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Pyruvate / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Hassanali, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Hassanali, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Hills, T. / Pizarro, J.C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CGD1_2040, a pyruvate kinase from cryptosporidium Parvum
著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Hassanali, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Hills, T. / Pizarro, J.C.
履歴
登録2010年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5356
ポリマ－114,9582
非ポリマー5764
水99155
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,06912
ポリマ－229,9164
非ポリマー1,1538
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area14400 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area72210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.345, 97.142, 109.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 208 - 215 / Label seq-ID: 208 - 215

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Pyruvate kinase


分子量: 57479.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd1_2040 / プラスミド: pet15mlh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CSM7, pyruvate kinase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Lithium Citrate, 50 mM CrCl3, 20% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→30 Å / Num. all: 37480 / Num. obs: 37480 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.114 / Χ2: 1.423 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.875 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 1845 / Rsym value: 0.875 / Χ2: 1.015 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.86 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.64 Å30.05 Å
Translation2.64 Å30.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.28 / WRfactor Rwork: 0.243 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.802 / SU B: 11.808 / SU ML: 0.252 / SU R Cruickshank DPI: 0.699 / SU Rfree: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.699 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1874 5 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.242 37816 --
obs0.242 37419 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.17 Å2 / Biso mean: 64.184 Å2 / Biso min: 29.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20 Å2
2--0.99 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7196 0 36 55 7287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0227348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7681.9749976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.769311811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.25986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78325.209263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.825151239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3191532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0218227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2531.54912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0211.51997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.46627902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.36232436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6624.52073
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 101 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.30.5
MEDIUM THERMAL0.642
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.712 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 122 -
Rwork0.316 2223 -
all-2345 -
obs--85.71 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る