PDB-3m8y: Phosphopentomutase from Bacillus cereus after glucose-1,6-bisphos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m8y

タイトル

Phosphopentomutase from Bacillus cereus after glucose-1,6-bisphosphate activation

要素

Phosphopentomutase

キーワード

ISOMERASE / alkaline phosphatase like core domain / di-metallo catalytic center / manganese binding / manganese / metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / cellular metabolic compound salvage / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / deoxyribonucleotide catabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G. / Wadzinski, B. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Bacillus cereus Phosphopentomutase Is an Alkaline Phosphatase Family Member That Exhibits an Altered Entry Point into the Catalytic Cycle.
著者: Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G.R. / Phelan, V.V. / McDonald, W.H. / Wadzinski, B.E. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.

履歴

登録	2010年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m8y.cif.gz	491.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m8y.ent.gz	420.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m8wC 3m8zC 3ot9C 3m90 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3un2-2 4lr7-1 3uny-6 4lre-2 3uny-5 3uo0-3 3uny-2 3m8w-3 4lrc-2 3uny-3 3un5-6 3un3-1 3un5-5 3ot9-3 3un5-4 3un2-3 4lre-1 4lrf-2 3uo0-2 4lra-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphopentomutase

B: Phosphopentomutase

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.153, 76.661, 107.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase 分子量: 44591.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / 遺伝子: BC_4087, deoB / プラスミド: pET28(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase

-
非ポリマー , 5種, 778分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.27 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 82224 / Num. obs: 75463 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.5 Å² / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5869 / R_sym value: 0.257 / % possible all: 71.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 8.536 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	5188	6.9 %	RANDOM
R_work	0.1529	70183	-	-
obs	0.1562	75371	91.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.05 Å² / B_iso mean: 32.2849 Å² / B_iso min: 10 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.91 Å²	0 Å²	-0.76 Å²
2-	-	-1.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.21 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.21 Å	0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9188	0	82	755	10025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	9434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.178	1.992	12740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.65	5	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.346	25.103	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.904	15	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.81	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.337	1.5	5832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.666	2	9383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.343	3	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.282	4.5	3354

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	231	-
R_work	0.179	4037	-
all	-	4268	-
obs	-	-	71.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.059	-0.3464	-0.1759	1.8771	0.3955	1.5107	-0.0513	0.3378	-0.0113	-0.3416	0.0375	0.0975	0.0047	0.0386	0.0139	0.1466	-0.0065	-0.0121	0.0678	0.0114	0.036	2.2157	5.6152	-14.648
2	3.2042	-0.0639	2.5539	0.2238	-0.338	2.9409	0.1819	0.0497	-0.1262	0.0226	-0.0874	-0.1566	0.06	0.4449	-0.0945	0.1448	-0.0257	-0.0054	0.2044	-0.0409	0.2006	20.7842	18.1613	7.0021
3	3.1333	-0.936	1.1846	4.9162	-2.9804	5.1854	0.1494	-0.2561	-0.1296	0.1596	-0.0779	0.0605	0.0858	0.0177	-0.0715	0.1034	-0.0405	-0.0322	0.174	-0.0437	0.1027	18.6176	15.4953	16.9426
4	1.2537	-0.128	-0.3999	1.7803	0.2795	1.1493	-0.0046	-0.0375	0.0337	-0.0143	0.0042	0.1659	-0.0026	-0.0634	0.0004	0.0658	-0.0014	-0.0123	0.0228	0.0044	0.0381	-2.0755	8.9112	-2.5976
5	2.6821	-0.8294	2.7163	1.932	-0.9476	5.6181	-0.0398	0.1138	0.1177	-0.1094	0.0002	0.2732	-0.0614	-0.2652	0.0396	0.04	-0.0059	0.0173	0.0565	0.0121	0.1189	-27.6347	-0.5279	46.1497
6	1.3476	1.172	-0.0584	3.3504	-0.0874	1.5113	-0.0393	0.1666	-0.0648	-0.0388	0.1032	0.3467	0.08	-0.2263	-0.064	0.0273	0.0023	-0.0134	0.0809	0.0127	0.1476	-30.3238	-4.988	46.2167
7	5.2022	-1.7073	-0.8889	1.9556	0.6503	2.5715	0.081	0.4112	0.0003	-0.0603	-0.1129	0.016	0.0575	0.0109	0.032	0.0955	-0.0144	-0.0045	0.112	0.0211	0.0598	-1.5116	4.1302	29.6289
8	1.137	0.14	0.3465	1.8348	0.0107	1.5749	0.0016	-0.017	-0.0047	0.0298	0.0364	0.0872	0.0023	0.0003	-0.038	0.012	0.0005	0.0277	0.0011	0.0016	0.0651	-20.4403	-3.7863	52.6762
9	1.3415	-0.3586	1.3051	1.9678	-1.3139	3.4907	0.0775	0.0585	-0.0341	-0.0029	-0.1561	-0.2604	0.2567	0.7983	0.0786	0.0763	0.1033	-0.0024	0.4094	0.0447	0.1697	24.8759	-7.6533	62.3379
10	6.9216	3.2721	-2.2176	3.2173	-2.3436	5.1735	0.1738	-1.1598	-0.1347	0.1029	-0.4494	-0.6219	-0.1418	1.3545	0.2757	0.193	0.009	0.0271	0.5951	-0.024	0.2333	1.4566	-0.8949	85.4359
11	4.8254	1.007	-1.4493	4.8149	-0.8671	6.4752	-0.1207	-0.3056	-0.1261	-0.1201	0.01	-0.1932	0.1396	0.5592	0.1106	0.0654	0.0681	0.0203	0.1434	-0.0201	0.0631	-4.6198	-3.4025	78.3883
12	1.259	-0.5571	1.0963	1.7087	-0.9694	3.7018	0.0767	0.0637	-0.0161	-0.1103	-0.0611	-0.024	0.2844	0.4789	-0.0156	0.0588	0.0694	0.0113	0.2196	0.0043	0.121	16.0287	-5.2935	56.4214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 392
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	101 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 393
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	99 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	141 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 392

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION	4	ligands.par	&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION	5		&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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