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- PDB-3m4r: Structure of the N-terminal Class II Aldolase domain of a conserv... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m4r | ||||||
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Title | Structure of the N-terminal Class II Aldolase domain of a conserved protein from Thermoplasma acidophilum | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | Structural Genomics / Unknown function / short chain dehydrogenase / Class II Aldolase / Adducin head domain / carbohydrate metabolism / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | ![]() L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the N-terminal Class II Aldolase domain of a conserved protein from Thermoplasma acidophilum Authors: Cuff, M.E. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 42.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 397.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 397.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24743.062 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Aldolase II domain residues 1-219 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0, 3.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 10.6 % / Av σ(I) over netI: 55.71 / Number: 190518 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 2.68 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18049 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 18049 / Num. obs: 18049 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 2.679 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 856 / Χ2: 0.781 / % possible all: 99.8 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.29 / FOM acentric: 0.35 / FOM centric: 0 / Reflection: 17887 / Reflection acentric: 14809 / Reflection centric: 3078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.63 / R cullis centric: 1 / Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 14809 / Reflection centric: 3078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 17887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.66 Å2 / Biso mean: 27.496 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→25.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -9 Å / Origin y: 18.2991 Å / Origin z: 15.1226 Å
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