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- PDB-3m1i: Crystal structure of yeast CRM1 (Xpo1p) in complex with yeast Ran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m1i
タイトルCrystal structure of yeast CRM1 (Xpo1p) in complex with yeast RanBP1 (Yrb1p) and yeast RanGTP (Gsp1pGTP)
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HEAT REPEAT / EXPORTIN / GTP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Transport / GTPase activation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle phase transition / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus ...regulation of cell cycle phase transition / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / spindle pole body / nuclear export / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleus organization / MAPK6/MAPK4 signaling / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / GTPase activator activity / protein export from nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / kinetochore / small GTPase binding / protein import into nucleus / ubiquitin-dependent protein catabolic process / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Exportin-1 / GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Koyama, M. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: An allosteric mechanism to displace nuclear export cargo from CRM1 and RanGTP by RanBP1
著者: Koyama, M. / Matsuura, Y.
履歴
登録2010年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,6655
ポリマ－167,1173
非ポリマー5472
水13,854769
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area56750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.209, 106.209, 303.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is the heterotrimeric complex in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 / RanGTP / Gsp1pGTP / GTPase Ran homolog / Genetic suppressor of PRP20-1 / Chromosome stability protein 17


分子量: 24825.357 Da / 分子数: 1 / 変異: Q71L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GSP1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32835
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Yrb1p / Ran-binding protein 1 / RANBP1 / Perinuclear array-localized protein / Chromosome stability protein 20


分子量: 21893.789 Da / 分子数: 1 / 変異: A deletion mutant (residues 1-10 deleted) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / CRM1 / Xpo1p / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 120398.195 Da / 分子数: 1 / 変異: A deletion mutant (residues 377-413 deleted) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: XPO1 / プラスミド: pET30a-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

-
非ポリマー , 3種, 771分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium nitrate, 18% PEG3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月26日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.33 Å / Num. all: 118072 / Num. obs: 117954 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 35.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 16944 / Rsym value: 0.834 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
PROCESSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RRP, 1W9C, 2H4M

1rrp

1w9c

2h4m


解像度: 2→43.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.432 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 5918 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.178 118072 --
obs0.178 117821 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.04 Å2 / Biso mean: 41.996 Å2 / Biso min: 17.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10832 0 33 769 11634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02211081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0421.96115021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4451349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14225.029511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.015151988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4411548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.21729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2951.56763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.319210970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.934318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2174.54051
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 442 -
Rwork0.245 8131 -
all-8573 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7638-0.1140.41591.14570.0581.20490.0064-0.0060.26690.0246-0.0124-0.0652-0.18010.12280.0060.101-0.02310.0170.0565-0.01970.2027-4.9894-43.6646-33.9733
20.9533-0.465-0.07822.1295-0.74632.02270.0847-0.07040.24580.0866-0.02060.281-0.2196-0.1176-0.06410.0867-0.0142-0.00270.05820.00170.2121-15.9592-45.6306-38.1454
31.7758-0.17270.43271.29050.12631.6263-0.0078-0.02140.06610.0004-0.01880.05660.1238-0.03360.02660.1121-0.01490.01740.08360.00370.1651-11.8434-57.511-38.361
41.95550.37731.20160.6703-0.64342.0338-0.02490.19090.27560.1288-0.06980.0676-0.20350.29330.09460.1333-0.05020.02120.1669-0.02420.28598.5645-44.8811-35.048
56.0257-0.9843-1.52511.2873-4.50258.44190.07-0.3222-0.09250.52350.02340.4503-0.3016-0.2838-0.09340.1609-0.05940.14580.103-0.07620.15093.9762-47.222-8.7733
614.04443.020311.39190.86752.20579.5189-1.00572.24430.712-0.4050.34910.1332-0.67392.07090.65660.262-0.10530.01580.82110.1260.264320.4151-43.5096-40.8238
79.2068-1.6691-2.45213.64831.59244.6620.07010.19270.28820.2457-0.19410.1848-0.1753-0.16130.1240.1883-0.067-0.00750.12290.01510.164510.6001-46.3649-17.9252
82.569-0.027-0.22711.69290.27241.8250.0239-0.07080.13410.1742-0.0805-0.0779-0.10470.32140.05660.0928-0.092-0.02340.14520.00720.160518.3025-43.955-23.1223
93.32911.3976-1.61813.290.12633.5353-0.0019-0.24930.29470.2952-0.02830.1521-0.1670.14740.03020.1544-0.0826-0.01030.1102-0.03670.156311.9603-44.4639-14.2993
1010.26318.4949-1.393416.4097-1.21713.0039-0.064-0.3891-0.28110.43550.0134-0.7554-0.03820.78460.05070.1334-0.0294-0.09830.3216-0.02170.110525.7379-46.5586-12.8613
112.04280.70820.13322.1848-0.03621.781-0.0202-0.04450.21520.10050.09560.3109-0.1705-0.1191-0.07540.13380.04080.01880.01960.02140.2653-26.3925-29.2769-42.3064
121.0973-0.4423-0.40590.97220.36231.07880.0060.19250.1574-0.2019-0.02720.06880.0021-0.03010.02120.1278-0.0066-0.05850.14820.06190.1606-28.7283-53.6434-60.3686
130.8827-0.31950.4410.9919-0.49871.1257-0.04950.0183-0.00480.02610.0423-0.12880.02790.11130.00720.16010.01060.03120.1488-0.00010.08762.2718-78.4242-46.6592
141.22080.0936-0.15931.59240.41722.31450.0218-0.12490.01450.1329-0.0553-0.11960.03660.20850.03350.16570.0381-0.06630.18760.02970.09179.6832-85.015-9.9638
151.6312-0.77270.03771.2852-0.06420.23170.0677-0.0291-0.12340.1754-0.03660.1968-0.0629-0.0284-0.03110.21380.00220.04630.1544-0.02790.0382-14.0381-68.339-1.8816
162.6494-0.00740.62381.4836-0.81382.7590.0357-0.2646-0.12780.1660.16090.41840.0791-0.1335-0.19660.13340.03710.07350.1018-0.00780.2353-42.545-62.9815-14.8265
171.7692-0.5157-0.28852.5924-0.34553.0412-0.02980.1223-0.2695-0.05870.01230.21310.1507-0.19040.01740.09460.01050.00010.0954-0.04370.2281-45.175-56.1025-31.2635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3A96 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4A160 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5A202 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6B71 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7B84 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8B104 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9B147 - 182
10X-RAY DIFFRACTION10B183 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11C-1 - 87
12X-RAY DIFFRACTION12C88 - 273
13X-RAY DIFFRACTION13C274 - 570
14X-RAY DIFFRACTION14C571 - 694
15X-RAY DIFFRACTION15C695 - 901
16X-RAY DIFFRACTION16C902 - 991
17X-RAY DIFFRACTION17C992 - 1058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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