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- PDB-3m1b: Crystal structure of human FcRn with a dimeric peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m1b
タイトルCrystal structure of human FcRn with a dimeric peptide inhibitor
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / IMMUNOGLOBULIN BINDING PROTEIN / Cell membrane / Disulfide bond / Glycoprotein / IgG-binding protein / Immunoglobulin domain / Membrane / Receptor / Transmembrane / Amyloid / Amyloidosis / Disease mutation / Glycation / Immune response / MHC I / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted / IMMUNE SYSTEM-IMMUNE SYSTEM INHIBITOR / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR / IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Mezo, A.R. / Sridhar, V. / Badger, J. / Sakorafas, P. / Nienaber, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: X-ray crystal structures of monomeric and dimeric peptide inhibitors in complex with the human neonatal Fc receptor, FcRn.
著者: Mezo, A.R. / Sridhar, V. / Badger, J. / Sakorafas, P. / Nienaber, V.
履歴
登録2010年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Derived calculations
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42022年5月4日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
C: IgG receptor FcRn large subunit p51
D: Beta-2-microglobulin
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
G: IgG receptor FcRn large subunit p51
H: Beta-2-microglobulin
I: DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR
J: DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,21210
ポリマ－169,21210
非ポリマー00
水00
1
A: IgG receptor FcRn large subunit p51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7201
ポリマ－29,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7481
ポリマ－11,7481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: IgG receptor FcRn large subunit p51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7201
ポリマ－29,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7481
ポリマ－11,7481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: IgG receptor FcRn large subunit p51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7201
ポリマ－29,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7481
ポリマ－11,7481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: IgG receptor FcRn large subunit p51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7201
ポリマ－29,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7481
ポリマ－11,7481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6691
ポリマ－1,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6691
ポリマ－1,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.050, 158.431, 82.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / Neonatal Fc receptor / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain


分子量: 29720.383 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-290 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / Cell (発現宿主): CHOK1SV cells / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P55899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Cell (発現宿主): CHOK1SV cells / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR


タイプ: Polypeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1669.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: DIMERIC PEPTIDE INHIBITOR
配列の詳細ACE AT THE N-TERMINUS OF CHAIN I IS COVALENTLY BONDED WITH ACE AT THE N-TERMINUS OF CHAIN J

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 2ul protein:peptide with 2ul buffer containing 100 mM phosphate/citric acid, 22% PEG 1000 and 8% ethanol , pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器日付: 2009年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 29051 / Num. obs: 29051 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / % possible all: 58

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M17

3m17


解像度: 3.1→37.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.802 / SU B: 50.517 / SU ML: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.793 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.39658 1475 5.1 %RANDOM
Rwork0.31386 ---
obs0.31803 27550 100 %-
all-27550 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 106.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å2-0.04 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→37.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11241 0 0 0 11241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02111602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1841.94315857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48451454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.20823.901523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.204151591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5051552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.25865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.27619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.44527455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7882.511623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.54834852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8924.54234
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 67 -
Rwork0.423 1113 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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