PDB-3lzo: Crystal Structure Analysis of the copper-reconstituted P19 protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lzo

タイトル

Crystal Structure Analysis of the copper-reconstituted P19 protein from Campylobacter jejuni at 1.65 A at pH 10.0

要素

P19 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / copper binding / iron transport / iron uptake / P19 delition

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Doukov, T.I. / Chan, A.C.K. / Scofield, M. / Ramin, A.B. / Tom-Yew, S.A.L. / Murphy, M.E.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure and Function of P19, a High-Affinity Iron Transporter of the Human Pathogen Campylobacter jejuni.
著者: Chan, A.C. / Doukov, T.I. / Scofield, M. / Tom-Yew, S.A. / Ramin, A.B. / Mackichan, J.K. / Gaynor, E.C. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2010年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lzo.cif.gz	153.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lzo.ent.gz	124.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lzo_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lzo_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	3lzo_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	3lzo_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lzlC 3lznC 3lzpC 3lzqC 3lzrC 2o6c 2o6d 2o6e 2o6f C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lzl-d 6wef-4 3pjn-d 2o6d-d 3lzn-d 6wef-2 3lzq-d 2o6f-d 2o6e-d 6wed-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P19 protein

B: P19 protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.831, 72.581, 78.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	P19 protein 分子量: 17590.859 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 22-179 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1650, Gene Cj81176_1659 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1W1R1, UniProt: A0A0H3PA01*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 詳細: 25-45% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 350, 0.1 M CHES (2-(N-CYCLOHEXYLAMINO) ETHANE SULFONIC ACID) BUFFER PH 10.0, CRYO FROZEN WITHOUT ANY ADDITION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日詳細: Rh coated flat mirror, Si(111) side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
放射	モノクロメーター: Si(111) side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→19.34 Å / Num. obs: 39217 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5597 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Blu-Ice	データ収集
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: P6222 incomplete SeMAD model at 2.8 A resolution.

解像度: 1.65→19.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 4.13 / SU ML: 0.062 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18685	1901	4.8 %	RANDOM
R_work	0.13887	-	-	-
obs	0.14118	37316	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.981 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.086 Å	0.114 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2480	0	12	291	2783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.976	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.885	3	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.66	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.774	25.289	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.525	15	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.186	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.908	3	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.893	3	659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.189	5	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.554	8	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.562	11	976
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.193	3	4423

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	125	-
R_work	0.209	2669	-
obs	-	-	97.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3508	-5.5274	-1.6452	9.2701	5.6919	3.8502	0.2205	-0.6452	0.4277	0.0468	0.0818	-0.5843	0.1014	-0.1313	-0.3022	0.075	-0.005	-0.0084	0.1031	0.0078	0.0864	28.14	12.001	37.96
2	1.8989	-0.9175	-0.8869	1.9152	0.9348	1.39	0.1053	-0.3061	0.1215	-0.0572	-0.0778	-0.1846	0.0056	0.0794	-0.0274	0.0455	-0.0046	0.0031	0.0886	-0.002	0.0713	24.322	13.522	32.878
3	5.2258	3.6253	-4.6267	2.7907	-1.9975	7.6919	0.1308	0.1971	0.1157	0.0251	-0.0645	0.0817	-0.2643	-0.9467	-0.0663	0.1084	0.0988	-0.0112	0.2216	-0.066	0.1748	8.825	26.388	30.901
4	2.8701	-0.6205	-2.5117	0.7222	0.848	3.0439	-0.0769	-0.3034	-0.0007	-0.047	-0.0315	0.0271	-0.0092	0.2716	0.1084	0.038	0.0193	0.0046	0.0585	0.014	0.0641	24.113	14.655	26.362
5	1.7263	0.4629	-1.0919	0.8423	0.801	4.9321	0.0023	-0.314	-0.0529	0.102	-0.2319	0.1551	0.2566	-0.1358	0.2297	0.0685	-0.0138	0.0449	0.0984	-0.0108	0.075	13.834	8.297	36.047
6	1.4781	0.0312	-1.6807	1.1304	-0.7597	3.2319	0.0543	-0.2011	0.11	-0.0398	-0.0626	0.057	-0.0753	0.0608	0.0083	0.0578	0.0154	-0.0084	0.1602	-0.0822	0.1159	16.559	19.629	33.918
7	8.7036	-0.5271	1.5786	8.6452	2.1346	0.7934	-0.0446	-1.07	0.1345	0.7961	-0.1935	0.7846	0.2291	-0.2223	0.2381	0.1993	-0.0582	0.1031	0.3983	0.0172	0.0925	12.547	10.212	48.018
8	1.7874	0.3049	-1.1899	0.199	-0.2945	7.0443	-0.1049	0.0575	-0.1122	-0.0145	-0.0273	0.0266	0.2749	-0.3654	0.1322	0.0701	-0.0051	0.0153	0.0429	-0.0162	0.091	18.308	6.22	18.542
9	1.9934	2.2376	-2.9564	2.5564	-3.6847	10.1888	0.0185	0.1398	0.0735	-0.05	0.1351	0.1106	0.1335	0.0593	-0.1537	0.0904	0.0201	0.0028	0.0346	-0.0195	0.1283	24.793	2.478	11.59
10	3.3428	0.4036	1.2395	2.2236	3.3296	7.4293	-0.0853	-0.5943	-0.1359	0.2004	-0.0688	0.0841	0.3028	0.2747	0.1541	0.0873	-0.0112	0.0136	0.2299	0.0553	0.0767	21.623	8.395	40.052
11	1.1253	0.0216	-0.4669	0.6776	0.2464	1.5004	0.0024	-0.1504	0.0112	0.0322	-0.0552	0.0171	0.0344	-0.0007	0.0528	0.0548	0.008	-0.0004	0.0638	0.0023	0.0827	21.1276	11.339	29.3566
12	8.9912	1.5499	-5.2597	22.7052	8.2551	6.7963	0.1121	0.7537	0.4884	-0.1597	0.2878	-1.382	-0.2945	-0.0562	-0.3999	0.2227	-0.2489	-0.1727	0.5907	0.3676	0.5052	27.914	24.339	-1.9
13	2.9835	-0.8372	-0.0808	1.8337	3.7047	8.1859	-0.3515	0.5192	0.4928	-0.1177	0.024	0.011	-0.5039	0.3641	0.3275	0.1943	-0.0767	-0.087	0.119	0.1247	0.1514	24.219	26.079	4.906
14	2.1142	-1.7579	0.3537	2.5183	-3.1305	7.0875	0.0567	0.4071	-0.3655	-0.2336	-0.1447	0.249	0.4922	-0.2897	0.088	0.1628	-0.0647	0.0007	0.1553	-0.0738	0.1421	16.493	5.123	3.176
15	1.6004	-0.2121	0.8285	0.1761	0.543	3.41	-0.1235	0.1699	0.2362	-0.0596	0.0062	-0.0172	-0.3034	0.1725	0.1172	0.1055	-0.0283	-0.0384	0.0323	0.0395	0.0765	22.147	21.488	10.656
16	2.2948	-0.641	3.5034	0.2833	-1.8214	11.3757	-0.23	0.1714	0.1748	0.07	-0.0283	-0.0388	-0.3994	0.2222	0.2583	0.0726	-0.038	-0.056	0.1192	0.0865	0.0766	10.958	24.123	-7.119
17	0.9887	-0.4714	0.8918	0.2246	-0.4118	1.9644	-0.0177	0.1954	0.058	0.0065	-0.0815	-0.0323	-0.0569	0.052	0.0992	0.0693	0.0028	-0.0115	0.1103	0.0143	0.0572	19.408	14.106	1.846
18	1.674	-0.5346	2.1157	0.7926	-0.5049	3.6966	-0.1449	0.2548	0.1794	0.0842	-0.0045	0.0362	-0.1171	0.1591	0.1494	0.0555	-0.0416	-0.0501	0.1476	0.108	0.1174	13.535	23.367	-3.538
19	5.9462	5.0754	-0.4584	4.4464	2.3204	21.9535	0.1785	-0.1772	0.3308	0.035	-0.3734	0.2917	-0.8983	-1.9529	0.1949	0.1066	0.1068	-0.0535	0.1951	-0.0533	0.1232	11.295	23.029	19.759
20	4.5773	2.5033	-3.424	3.4172	0.422	8.8363	0.1992	-0.2447	0.4041	-0.1304	-0.2586	0.3439	-0.5444	-0.6548	0.0593	0.2275	0.0916	-0.0478	0.2009	-0.1122	0.1927	17.633	30.891	28.85
21	1.209	0.3714	1.02	1.7752	-0.7987	5.8549	-0.3604	0.477	0.359	0.0272	-0.0177	0.1046	-0.9925	0.5813	0.3781	0.2156	-0.1486	-0.1481	0.2903	0.1496	0.1939	18.909	27.291	-1.028
22	1.0355	0.0375	1.0583	0.0257	-0.2251	2.0599	-0.0805	0.1707	0.1334	0.0269	0.0078	-0.0138	-0.2052	0.1394	0.0728	0.1465	-0.0039	-0.0322	0.1056	0.0399	0.1738	19.3049	22.0705	5.3745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	34 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	86 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	106 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	117 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	135 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	145 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	1001 - 1153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	3 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	10 - 23
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	24 - 33
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	34 - 69
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	70 - 84
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	85 - 105
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	106 - 124
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	125 - 130
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	131 - 142
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	143 - 158
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	1001 - 1138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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