PDB-3lzn: Crystal Structure Analysis of the apo P19 protein from Campylobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lzn

タイトル

Crystal Structure Analysis of the apo P19 protein from Campylobacter jejuni at 1.59 A at pH 9

要素

P19 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / copper binding / iron transport / iron uptake / P19 delition / Cj1658 / Cj1659

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Doukov, T.I. / Chan, A.C.K. / Scofield, M. / Ramin, A.B. / Tom-Yew, S.A.L. / Murphy, M.E.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure and Function of P19, a High-Affinity Iron Transporter of the Human Pathogen Campylobacter jejuni.
著者: Chan, A.C. / Doukov, T.I. / Scofield, M. / Tom-Yew, S.A. / Ramin, A.B. / Mackichan, J.K. / Gaynor, E.C. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2010年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lzn.cif.gz	151.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lzn.ent.gz	121.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lzn_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lzn_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	3lzn_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	3lzn_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lzlC 3lzoC 3lzpC 3lzqC 3lzrC 2o6c 2o6d 2o6e 2o6f C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lzl-d 3lzo-d 3lzq-d 6wef-2 6wee-2 6wef-4 6wee-1 5i0w-d 3lzr-d 6wef-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P19 protein

B: P19 protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.396, 73.037, 74.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1146- HOH

#1: タンパク質	P19 protein 分子量: 17590.859 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 22-179 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1650, Gene Cj81176_1659 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1W1R1, UniProt: A0A0H3PA01*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PROTEIN TREATED WITH 30X EXCESS OF EDTA; WASHED, PRECIPITANT WAS 25-45% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 350, 0.1 M CHES (2-(N-CYCLOHEXYLAMINO) ETHANE SULFONIC ACID) BUFFER PH 9.0, CRYO FROZEN ...詳細: PROTEIN TREATED WITH 30X EXCESS OF EDTA; WASHED, PRECIPITANT WAS 25-45% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 350, 0.1 M CHES (2-(N-CYCLOHEXYLAMINO) ETHANE SULFONIC ACID) BUFFER PH 9.0, CRYO FROZEN WITHOUT ANY ADDITION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PROTEIN TREATED WITH 30X EXCESS OF EDTA; WASHED, PRECIPITANT WAS 25-45% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 350, 0.1 M CHES (2-(N-CYCLOHEXYLAMINO) ETHANE SULFONIC ACID) BUFFER PH 9.0, CRYO FROZEN ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.282 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月21日詳細: Rh coated flat mirror, toroidal focusing mirror, Si 111 monochromator
放射	モノクロメーター: Si 111 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→19.11 Å / Num. obs: 40227 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5772 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Blu-Ice	データ収集
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: P6222 INCOMPLETE SEMAD MODEL AT 2.8 ANGS RESOLUTION.

解像度: 1.59→18.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 4.009 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18413	1954	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14158	-	-	-
obs	0.14366	38270	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.081 Å	0.106 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→18.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2470	0	12	282	2764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.472	1.973	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.478	3	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.792	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.544	25.333	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.413	15	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.929	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.636	3	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.894	3	649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.851	5	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.977	8	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.175	11	959
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2	3	4351

LS精密化シェル

解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	133	-
R_work	0.243	2741	-
obs	-	-	97.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6541	-3.7069	0.6347	13.3192	6.7971	4.9085	-0.0436	-0.3905	0.1779	0.1122	0.2994	-0.6493	0.0677	0.0674	-0.2558	0.0627	-0.0064	-0.005	0.1171	0.0449	0.1537	28.08	11.568	37.662
2	1.1867	-0.8655	-1.0326	2.4439	1.037	2.0962	0.0592	-0.1343	0.0685	-0.0752	0.0095	-0.2557	-0.0178	0.0195	-0.0687	0.0771	0.0019	-0.0033	0.0499	0.0116	0.1022	24.513	13.297	32.432
3	0.1701	1.3804	2.4256	3.9263	-4.7045	15.3195	0.0417	-0.1936	0.2167	-0.1163	0.1374	0.1741	0.0843	-0.938	-0.1791	0.1523	0.0834	0.0659	0.2191	0.0143	0.2529	9.55	26.535	30.454
4	1.922	-0.5147	-2.1027	0.3491	0.7591	2.9076	-0.109	-0.2209	-0.1266	0.0072	-0.0078	0.033	-0.0165	0.1873	0.1168	0.0918	0.0171	0.0154	0.0535	0.0194	0.0969	24.013	14.758	26.424
5	0.7963	-0.1364	-0.443	0.5978	-0.1246	6.8008	-0.0225	-0.0782	-0.0819	0.0642	0.002	0.0768	0.1526	-0.3622	0.0205	0.0507	-0.0072	0.0359	0.0394	0.001	0.0641	13.637	8.52	36.462
6	0.7394	-0.0355	-1.443	0.7796	-0.8537	3.9669	0.0098	-0.0129	0.031	0.0132	-0.0577	-0.0502	-0.0796	-0.056	0.0479	0.1043	0.012	0.0035	0.0846	-0.0175	0.0943	16.553	19.814	34.5
7	3.0206	-2.3176	-2.1233	4.442	0.3521	1.8512	-0.0682	0.0662	-0.2978	0.3258	-0.0225	0.329	0.0353	-0.0722	0.0907	0.1437	0.0037	0.0065	0.0872	0.0258	0.0743	12.586	10.812	47.921
8	1.2275	0.0536	-1.6523	0.7582	-0.4479	8.1431	-0.0636	0.0674	-0.0734	-0.0707	-0.0271	0.0518	0.2418	-0.4954	0.0907	0.0626	0.0002	0.0111	0.0394	-0.0186	0.0881	17.838	6.535	18.47
9	1.339	2.1694	-3.5725	3.8719	-4.31	14.8257	0.0167	0.1511	0.0972	-0.0598	0.217	0.1159	0.0676	-0.2359	-0.2337	0.0594	0.03	0.0096	0.0303	-0.0225	0.114	24.123	2.417	11.687
10	0.7425	-0.0361	0.2003	1.6859	1.9437	5.3932	-0.1089	-0.2388	-0.1028	0.1258	-0.0047	0.0141	0.1556	0.1358	0.1137	0.0868	0.006	0.0155	0.1085	0.0167	0.1101	21.493	8.374	39.855
11	0.4998	-0.1551	-0.6029	0.4662	0.106	1.6184	0.011	-0.0639	-0.0372	0.0099	-0.0341	0.0247	-0.0072	-0.0113	0.0232	0.0764	-0.0021	-0.0106	0.0541	-0.0013	0.112	20.2672	10.7325	30.6507
12	9.3631	14.604	0.7503	28.1424	12.1711	14.5059	0.7578	0.3473	-0.6982	0.1329	0.1864	-2.1095	-0.8846	-0.2966	-0.9442	0.2348	-0.0177	0.0276	0.3675	0.0649	0.3482	28.36	24.25	-1.742
13	3.0619	0.3511	1.577	3.5319	5.1894	7.2764	0.0563	0.5146	0.342	-0.2802	0.0055	-0.1625	-0.3899	0.1319	-0.0618	0.2423	0.0483	0.0501	0.1427	0.0889	0.14	24.777	26.531	4.989
14	0.866	0.2617	0.388	9.2312	-5.8527	8.7682	0.2048	0.2228	-0.0162	-0.0382	-0.1335	0.5092	0.4525	-0.5096	-0.0713	0.175	-0.0223	-0.0371	0.2441	-0.055	0.1424	16.237	5.753	3.07
15	1.2972	0.1712	0.8103	1.1459	0.8293	1.8451	0.0276	0.2033	0.1554	-0.099	-0.0021	-0.0951	-0.1908	-0.0565	-0.0256	0.0884	0.0297	-0.0057	0.0703	0.0318	0.0641	22.321	21.738	10.556
16	1.7648	-0.9347	2.001	0.8334	-1.6219	11.9811	-0.1208	-0.0357	0.0915	-0.0232	0.1039	0.1361	-0.2537	0.1545	0.0169	0.0456	-0.0274	-0.0547	0.0962	0.0444	0.0795	11.449	24.91	-6.91
17	0.0566	-0.0269	0.5423	1.1293	0.0074	3.155	-0.0238	0.0734	0.0084	-0.086	-0.0274	-0.0496	-0.1642	-0.0286	0.0512	0.0917	0.0243	-0.0011	0.1755	-0.0012	0.0558	19.264	14.415	1.541
18	0.3158	-0.1656	1.1304	0.8943	0.239	6.4614	-0.0707	0.0922	0.0706	-0.0649	0.0723	0.0619	-0.1472	0.122	-0.0017	0.0427	-0.0279	-0.0453	0.1383	0.0362	0.0797	13.985	24.046	-3.871
19	5.3903	1.1403	3.0476	2.0132	2.0207	14.0551	0.0058	0.0513	0.3709	-0.1459	-0.2031	0.0661	-0.2677	-0.974	0.1973	0.0602	0.0543	0.0149	0.1027	0.0053	0.0571	11.479	23.849	19.478
20	6.8506	-0.6685	0.7806	5.5536	-2.1929	12.3465	-0.0406	-0.3173	0.1251	0.4005	-0.1019	0.0751	-0.3902	-0.1387	0.1425	0.1551	0.0294	-0.0092	0.0211	-0.0264	0.0882	18.02	31.544	28.444
21	0.6404	-0.0738	-1.4344	2.598	2.2344	12.0563	-0.3205	0.2064	0.076	0.0291	0.0912	0.2747	-0.605	0.8099	0.2293	0.2805	-0.1157	-0.0633	0.4013	0.0236	0.1597	19.538	27.489	-1.084
22	0.8109	0.1318	1.025	0.0737	-0.1337	1.6071	-0.0305	0.1423	0.0412	-0.0003	0.0546	-0.0418	-0.0929	0.0568	-0.0241	0.1376	0.0192	0.0067	0.134	0.01	0.1402	19.0042	22.8249	5.4091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	34 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	86 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	106 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	117 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	135 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	145 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	1001 - 1147
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	3 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	10 - 23
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	24 - 33
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	34 - 69
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	70 - 84
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	85 - 105
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	106 - 124
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	125 - 130
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	131 - 142
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	143 - 158
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	1001 - 1135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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