PDB-3lzl: Crystal Structure Analysis of the as-solated P19 protein from Cam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lzl

タイトル

Crystal Structure Analysis of the as-solated P19 protein from Campylobacter jejuni at 1.45 A at pH 9.0

要素

P19 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / copper binding / iron transport / iron uptake / P19 delition

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Doukov, T.I. / Chan, A.C.K. / Scofield, M. / Ramin, A.B. / Tom-Yew, S.A.L. / Murphy, M.E.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure and Function of P19, a High-Affinity Iron Transporter of the Human Pathogen Campylobacter jejuni.
著者: Chan, A.C. / Doukov, T.I. / Scofield, M. / Tom-Yew, S.A. / Ramin, A.B. / Mackichan, J.K. / Gaynor, E.C. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2010年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lzl.cif.gz	155.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lzl.ent.gz	125.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lzl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lzl_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lzl_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	3lzl_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	3lzl_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lznC 3lzoC 3lzpC 3lzqC 3lzrC 2o6c 2o6d 2o6e 2o6f C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lzo-d 3lzn-d 6wef-4 3pjn-d 3lzq-d 2o6d-d 2o6c-d 6wef-2 2o6e-d 3lzr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P19 protein

B: P19 protein

ヘテロ分子

35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.533, 73.545, 75.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	P19 protein 分子量: 17590.859 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 22-179 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1650, Gene Cj81176_1659 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A1W1R1, UniProt: A0A0H3PA01*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 50% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 250, 0.1 M CHES (2-(N-CYCLOHEXYLAMINO) ETHANE SULFONIC ACID) BUFFER pH 9.0, CRYOGENIC CONDITION 30% GLYCEROL IN PRECIPITANT MIXTURE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月5日詳細: Rh coated flat mirror, toroidal focusing mirror, Si 111 monochromator
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→19.21 Å / Num. obs: 53633 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7657 / R_sym value: 0.517 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Blu-Ice	データ収集
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: P6222 incomplete SeMAD model at 2.8 A resolution.

解像度: 1.45→18.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 3.199 / SU ML: 0.053 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18668	2651	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14115	-	-	-
obs	0.14337	50981	98.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.882 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.25 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.066 Å	0.071 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→18.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2461	0	7	353	2821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.973	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.282	3	4392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.714	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.689	25.41	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.631	15	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.312	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.45	3	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.419	3	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.963	5	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.591	8	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.022	11	967
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.611	3	4391

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.485 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	190	-
R_work	0.285	3526	-
obs	-	3526	94.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0625	-1.5536	-0.9643	2.3087	1.3794	0.9037	-0.0434	-0.0691	0.0552	0.0356	0.0726	-0.1281	0.0629	0.0925	-0.0292	0.1194	-0.0098	-0.0029	0.0763	-0.0173	0.1325	27.9221	11.625	37.8033
2	0.0057	0.0174	0.012	0.4654	0.1514	0.0606	0.0046	0.0046	0.007	-0.0062	0.0105	-0.0334	0.002	0.0001	-0.0151	0.1168	0.0026	-0.0085	0.112	0.0034	0.1073	24.3844	13.5254	32.7893
3	2.2882	-1.0302	0.8097	0.5522	-0.8015	2.7372	0.0966	0.1184	0.086	-0.0168	-0.0468	-0.0394	0.0305	-0.086	-0.0498	0.0893	-0.0063	-0.0205	0.1146	-0.0019	0.1026	9.3862	26.6534	30.3802
4	0.1829	-0.0775	-0.2493	0.0383	0.1003	0.3474	0.002	0.01	0.0003	0.0059	-0.0162	-0.0029	0.0005	-0.0031	0.0142	0.1201	0.0014	-0.0002	0.1049	-0.0006	0.1185	23.9544	14.7694	26.5331
5	0.0565	-0.0472	-0.0494	0.0907	0.0748	0.0655	-0.0079	0.0046	-0.0182	0.0136	-0.0089	0.0057	0.0154	-0.011	0.0168	0.1224	0.0013	0.0008	0.1118	0.0033	0.1196	13.7706	8.4913	36.46
6	0.0838	0.0094	-0.1219	0.013	-0.0313	0.3002	0.0117	-0.0054	0.0019	0.0033	-0.0143	0.0056	-0.0117	-0.0067	0.0026	0.1202	0.0021	0	0.1094	0.0004	0.1178	16.506	19.8286	34.0639
7	0.4903	-0.0316	-0.0722	0.4168	-0.1591	0.0825	-0.0057	-0.0255	0.0346	0.0378	0.0152	-0.0091	0.0131	-0.0073	-0.0094	0.1129	-0.0008	-0.0019	0.1131	0.0033	0.1164	12.396	10.8609	47.8429
8	0.1413	-0.0003	-0.1685	0.0233	-0.0531	1.2026	-0.0064	0.0185	-0.0185	-0.0006	-0.0018	0	0.0351	-0.0587	0.0082	0.1177	-0.0015	0.0007	0.1132	-0.0044	0.1182	17.7348	6.7344	19.0457
9	0.1045	0.2156	-0.4194	0.4831	-0.8999	1.7333	0.0076	0.0113	-0.0203	-0.0204	-0.0172	-0.0049	-0.0154	-0.0505	0.0097	0.1123	0.015	0.0021	0.133	-0.0104	0.1336	24.2005	2.6532	11.4072
10	0.0266	-0.0274	0.0205	0.2359	0.293	0.4918	-0.0031	-0.0034	-0.0058	0.0168	0.0043	0.0059	0.0183	0.0079	-0.0012	0.1212	-0.0031	0.0013	0.1066	-0.0005	0.117	21.333	8.5843	39.992
11	0.0328	-0.0306	-0.029	0.0296	0.027	0.0257	0.0027	0.0041	-0.0057	0.005	-0.0087	0.0118	-0.0013	-0.0006	0.006	0.1206	-0.0001	-0.0036	0.1087	-0.0009	0.1189	19.1105	11.1856	31.9689
12	4.2914	11.3939	5.0767	40.6799	20.0043	13.3478	-0.1444	0.617	-0.0589	0.104	0.7943	-1.4542	-0.3987	0.5597	-0.6499	0.1217	-0.1084	-0.0849	0.2619	0.1035	0.1913	28.132	24.3291	-1.9383
13	0.1039	0.0773	0.0722	0.7414	1.0317	1.4517	-0.009	0.0332	-0.0023	-0.0154	0.0245	-0.0064	-0.038	0.0254	-0.0155	0.1232	0.008	0.001	0.1271	0.004	0.1126	24.7381	25.9198	4.5057
14	2.8676	0.4746	-2.3256	0.3347	-0.5185	1.9564	-0.0812	0.1845	-0.1106	-0.048	-0.0119	-0.0279	0.0792	-0.1363	0.0931	0.1252	-0.0075	-0.0034	0.1095	-0.0222	0.1127	16.1647	5.3971	3.2751
15	0.076	-0.0099	0.0001	0.0022	-0.0067	0.1061	0.0088	0.0213	0.0054	-0.0032	-0.001	-0.0067	-0.0105	-0.0137	-0.0078	0.1223	-0.0044	-0.0028	0.103	-0.0052	0.1153	22.2243	21.4792	10.5361
16	0.5105	0.2238	-0.5981	0.22	-0.6906	2.219	-0.0224	-0.0528	0.0392	-0.002	-0.0197	-0.0105	-0.039	0.0611	0.042	0.1172	-0.0199	0.0051	0.0987	0.0119	0.1122	11.4333	24.7875	-6.9129
17	0.0795	-0.058	0.1346	0.0894	-0.1002	0.2344	0.0034	0.0097	-0.011	-0.0011	0.0071	-0.0065	0.0035	-0.0111	-0.0105	0.1204	0.0033	0.0004	0.1266	-0.0009	0.1149	19.1173	14.2844	2.0225
18	0.0818	0.0558	0.1102	0.1152	-0.0034	0.2468	-0.029	0.0229	0.0045	-0.008	0.0339	0.0005	-0.0095	0.0311	-0.005	0.0979	0	-0.0017	0.1298	-0.0003	0.1183	14.109	23.7904	-4.211
19	0.0093	-0.0236	0.1458	0.0624	-0.3809	2.3533	-0.008	-0.0054	0.0062	0.0144	0.0054	-0.0003	-0.0429	-0.1024	0.0026	0.1186	0.0071	-0.0009	0.125	0.0023	0.1218	11.4291	23.4852	19.4913
20	0.0538	-0.1946	0.0382	0.742	-0.1439	0.0295	-0.0062	-0.0024	0.0184	0.0023	0.002	-0.0031	0.0041	-0.0121	0.0042	0.125	0.0039	-0.0003	0.1055	-0.0008	0.1224	17.924	31.2357	28.6199
21	0.1514	-0.2896	0.2372	0.6897	-0.4998	0.3913	-0.0537	0.0803	0.0147	0.1059	-0.0098	-0.0262	-0.1088	0.0809	0.0634	0.0739	-0.0316	-0.0292	0.2111	0.0102	0.124	19.4465	27.3817	-1.2407
22	0.0136	-0.0107	0.0426	0.0753	0.0435	0.2299	-0.005	-0.0052	0.0003	0.0047	0.0067	-0.0005	0.002	0.0082	-0.0017	0.1137	-0.0077	0.0012	0.1012	0.0018	0.1152	18.8147	23.7276	5.6795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	34 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	86 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	106 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	117 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	135 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	145 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	1001 - 1180
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	3 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	10 - 23
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	24 - 33
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	34 - 69
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	70 - 84
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	85 - 105
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	106 - 124
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	125 - 130
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	131 - 142
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	143 - 158
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	1001 - 1174

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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