[日本語] English
万見
- PDB-3lyq: Crystal structure of IpgB2 from Shigella flexneri -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lyq
タイトルCrystal structure of IpgB2 from Shigella flexneri
要素IpgB2
キーワードRHOA-BINDING PROTEIN / IpgB2 / GEF / WxxxE / TTSS effector protein / bacterial GEF / cytoskeleton dynamics
機能・相同性SopE-like GEF fold - #20 / Bacterial effector protein IpgB-like / IpaB/EvcA family / SopE-like GEF fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / MU-OXO-DIIRON / CITRATE ANION / IpgB2
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Klink, B.U. / Barden, S. / Heidler, T.V. / Borchers, C. / Ladwein, M. / Stradal, T.E.B. / Rottner, K. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of Shigella IPGB2 in complex with human RhoA: Implications for the mechanism of bacterial GEF-mimicry
著者: Klink, B.U. / Barden, S. / Heidler, T.V. / Borchers, C. / Ladwein, M. / Stradal, T.E.B. / Rottner, K. / Heinz, D.W.
履歴
登録2010年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: IpgB2
B: IpgB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6957
ポリマ－43,8722
非ポリマー8235
水1,910106
1
A: IpgB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3804
ポリマ－21,9361
非ポリマー4443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: IpgB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3143
ポリマ－21,9361
非ポリマー3782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.080, 114.080, 88.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO BIOLOGICAL UNITS, WHICH INTERACT VIA DOMAIN-SWAPPING.

-
要素

#1: タンパク質 IpgB2 / IpgB2 / probably secreted by the Mxi-Spa secretion machinery


分子量: 21935.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipgB2 / プラスミド: pET-M 41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3) / 参照: UniProt: Q9AJW7
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 5% (w/w) PEG 3350, 7% isopropanol, 10mM FeCl3, 100mM trisodium citrate/citric acid pH 5.5, 10mM NaCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.9
シンクロトロンESRF ID23-120.979
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2008年9月21日
MARRESEARCH2CCD2009年11月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.9791
Reflection冗長度: 11.8 % / Av σ(I) over netI: 7.4 / 数: 186094 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / D res high: 2.8 Å / D res low: 90.909 Å / Num. obs: 15757 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsRsym valueRedundancy
8.8548.97323770.0510.0518.6
6.268.8559799.90.050.0510.9
5.116.267451000.0590.05911.5
4.435.118701000.050.0511.7
3.964.439681000.0540.05411.9
3.613.9610661000.0720.07212
3.353.6111511000.1050.10512
3.133.3512231000.1870.18712.1
2.953.1313081000.4150.41512.1
2.82.9513671000.8250.82512.2
反射解像度: 2.3→22.88 Å / Num. obs: 25363 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 33.35
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 7703 / Num. unique all: 1205 / Num. unique obs: 1205 / % possible all: 63

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→22.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.362 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY; An almost spherical complex of ligands mediates a strong crystallographic contact between four different IpgB2 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY; An almost spherical complex of ligands mediates a strong crystallographic contact between four different IpgB2 molecules. The cluster contains at least two iron atoms with a Fe-Fe-distance identical to the distance in MU-OXO-DIIRON. An interpretation as a Fe-citrate cluster containing four citrate molecules lowers both free and working R factor significantly. However, the precise architecture of the cluster used for this interpretation (chain A or B) only represents the "best compromise". Ligands in chain A or B may not be completely correct, contain unrealistic atom distances and do not perfectly describe the electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1267 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.232 24089 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.13 Å2 / Biso mean: 45.838 Å2 / Biso min: 10.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→22.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2957 0 45 106 3108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.9594075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6125369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74225.034145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.36315607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8531518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8251.51842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57622989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24931202
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8254.51086
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 59 -
Rwork0.31 1137 -
all-1196 -
obs--63.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41770.05590.15070.57860.09550.18890.0641-0.15990.11880.1518-0.00650.1420.0063-0.1396-0.05760.225-0.0392-0.02370.1620.0430.287139.695-14.50910.111
23.1222-1.0291-0.18672.167-2.5468.8205-0.3821-0.7701-0.6169-0.046-0.1621-0.28650.54730.57690.54420.34710.0922-0.08350.37410.23610.439940.287-23.65135.611
31.8606-0.0278-1.49142.10.50692.8367-0.0574-0.617-0.11740.5338-0.12370.04350.05650.34090.18110.1851-0.0348-0.01790.24670.07830.354134.913-17.1920.949
41.2441-0.797-0.2831.34160.26170.8780.06810.1149-0.11290.0225-0.0315-0.11330.15550.0891-0.03670.1612-0.0519-0.03320.23940.04140.344850.546-22.773-6.108
53.20960.74330.27341.9523-1.16048.67310.2867-0.06870.3147-0.5986-0.21780.8566-0.3609-0.6172-0.06890.37260.1716-0.29090.2586-0.07320.46142.588-26.589-32.417
61.7138-0.2147-1.24452.13741.23613.0570.09390.5312-0.0091-0.4319-0.13720.1321-0.2419-0.16620.04340.13310.0265-0.06160.22450.04040.314850.6-28.322-17.454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3A111 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5B77 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6B112 - 185

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る