PDB-3lyf: Crystal Structure of the Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lyf

タイトル

Crystal Structure of the Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein

要素

Nucleocapsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / nucleocapsid protein / N protein / Rift Valley fever virus / ribonucleoprotein / Viral nucleoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Raymond, D.D. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of the Rift Valley fever virus nucleocapsid protein reveals another architecture for RNA encapsidation.
著者: Raymond, D.D. / Piper, M.E. / Gerrard, S.R. / Smith, J.L.

履歴

登録	2010年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lyf.cif.gz	205.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lyf.ent.gz	165.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6afp-d 4df3-d 2arz-d 5ili-d 5ik9-d 3myj-1 4nnb-d 5il3-d 3pag-d 1vz4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
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5

C: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
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6

D: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.110, 69.630, 80.620
Angle α, β, γ (deg.)	78.45, 69.72, 60.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleocapsid protein 分子量: 27366.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 株: ZH-501 / 遺伝子: N / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI/pRARE2 / 参照: UniProt: D3K5I7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 26% PEG 3350, 100 mM Na/K phosphate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.9794,0.9796
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2	1.033

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2009年6月3日	K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2009年12月16日	K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double Crystal Monochromator	MAD	M	x-ray	1
2	Double Crystal Monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9796	1
3	1.033	1

反射

解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 90337 / Num. obs: 87736 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 26.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 12642 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Epics	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.93→46.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 3.64 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25428	4393	5 %	RANDOM
R_work	0.2115	-	-	-
all	0.21361	-	-	-
obs	0.21361	83342	97.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.134 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	-0.08 Å²	-0.48 Å²
2-	-	-1.18 Å²	0.23 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→46.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7557	0	24	616	8197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	7727
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.966	10412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.902	3	13113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.252	5	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.996	23.411	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.777	15	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.381	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.851	1.5	4821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.196	1.5	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.538	2	7690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.297	3	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.672	4.5	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.977 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	323	-
R_work	0.281	6041	-
obs	-	-	95.27 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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