PDB-3lyc: Crystal structure of Putative pectinase (YP_001304412.1) from Par...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lyc

タイトル

Crystal structure of Putative pectinase (YP_001304412.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.30 A resolution

要素

Putative pectinase

キーワード

CELL ADHESION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Lipoprotein / Adhesion

機能・相同性

Pectate Lyase C-like - #120 / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / Putative lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Parabacteroides distasonis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative pectinase (YP_001304412.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3lyc.ent.gz	590.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
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文書・要旨	3lyc_validation.pdf.gz	560.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lyc_full_validation.pdf.gz	619.5 KB	表示
XML形式データ	3lyc_validation.xml.gz	135.1 KB	表示
CIF形式データ	3lyc_validation.cif.gz	187.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyc	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	7asv-d 5vn7-d 7nrv-2 2zhg-1 7nrv-1 7nrx-2 3l31-d 4z50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 394781

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 394781

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative pectinase

B: Putative pectinase

C: Putative pectinase

D: Putative pectinase

E: Putative pectinase

F: Putative pectinase

G: Putative pectinase

H: Putative pectinase

I: Putative pectinase

J: Putative pectinase

K: Putative pectinase

L: Putative pectinase

M: Putative pectinase

N: Putative pectinase

O: Putative pectinase

P: Putative pectinase

420 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Putative pectinase

B: Putative pectinase

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52.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative pectinase

D: Putative pectinase

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3

E: Putative pectinase

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4

G: Putative pectinase

H: Putative pectinase

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5

I: Putative pectinase

J: Putative pectinase

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6

K: Putative pectinase

L: Putative pectinase

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7

M: Putative pectinase

N: Putative pectinase

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8

O: Putative pectinase

P: Putative pectinase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.116, 104.606, 393.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	0 - 96
2	1	1	4	C	0 - 96
3	1	1	4	E	0 - 96
4	1	1	4	G	0 - 96
5	1	1	4	I	0 - 96
6	1	1	4	K	0 - 96
7	1	1	4	M	0 - 96
8	1	1	4	O	0 - 96
1	2	1	4	A	101 - 266
2	2	1	4	C	101 - 266
3	2	1	4	E	101 - 266
4	2	1	4	G	101 - 266
5	2	1	4	I	101 - 266
6	2	1	4	K	101 - 266
7	2	1	4	M	101 - 266
8	2	1	4	O	101 - 266
1	1	2	4	B	30 - 93
2	1	2	4	D	30 - 93
3	1	2	4	F	30 - 93
4	1	2	4	H	30 - 93
5	1	2	4	J	30 - 93
6	1	2	4	L	30 - 93
7	1	2	4	N	30 - 93
8	1	2	4	P	30 - 93
1	2	2	4	B	101 - 266
2	2	2	4	D	101 - 266
3	2	2	4	F	101 - 266
4	2	2	4	H	101 - 266
5	2	2	4	J	101 - 266
6	2	2	4	L	101 - 266
7	2	2	4	N	101 - 266
8	2	2	4	P	101 - 266

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative pectinase / Putative lipoprotein 分子量: 26227.631 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア) 株: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / 遺伝子: BDI_3084 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6LGH6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 27-266 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 40.0000% Ethanol, 0.1170M magnesium chloride, 0.1M TRIS pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97926,0.97882

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97926	1
3	0.97882	1

反射

解像度: 2.3→49.507 Å / Num. obs: 186629 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 37.716 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.64

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	0.663	1.8	56759	16841	1	90.9
2.38-2.48	0.576	2.1	64746	18648	1	94.1
2.48-2.59	0.457	2.8	72272	17852	1	96.6
2.59-2.73	0.361	3.8	92657	19108	1	98.4
2.73-2.9	0.271	5	93542	18597	1	98.5
2.9-3.12	0.199	6.8	96338	18467	1	98.9
3.12-3.43	0.129	10.1	101853	18747	1	98.9
3.43-3.93	0.083	14.9	108507	19120	1	98.7
3.93-4.93	0.064	18.6	114186	18929	1	98.8
4.93-49.507	0.061	18.6	137410	20160	1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→49.507 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 19.051 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.27
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	9370	5 %	RANDOM
R_work	0.244	-	-	-
obs	0.246	186512	97.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.52 Å² / B_iso mean: 38.194 Å² / B_iso min: 11.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28340	0	0	850	29190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	29367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	19497
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.77	1.956	39715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.517	3	48112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.413	5	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.23	26.14	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.996	15	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.005	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	4446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	33787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	3	19063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.201	3	8068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.438	5	30493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.724	8	10304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.424	11	9133

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
1	2	C	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
1	3	E	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
1	4	G	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
1	5	I	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
1	6	K	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
1	7	M	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
1	8	O	2634	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
1	1	A	2634	MEDIUM THERMAL	0.63	2
1	2	C	2634	MEDIUM THERMAL	0.56	2
1	3	E	2634	MEDIUM THERMAL	0.67	2
1	4	G	2634	MEDIUM THERMAL	0.61	2
1	5	I	2634	MEDIUM THERMAL	0.68	2
1	6	K	2634	MEDIUM THERMAL	0.56	2
1	7	M	2634	MEDIUM THERMAL	0.65	2
1	8	O	2634	MEDIUM THERMAL	0.55	2
2	1	B	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
2	2	D	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
2	3	F	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	4	H	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
2	5	J	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
2	6	L	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
2	7	N	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	8	P	2439	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
2	1	B	2439	MEDIUM THERMAL	0.48	2
2	2	D	2439	MEDIUM THERMAL	0.4	2
2	3	F	2439	MEDIUM THERMAL	0.44	2
2	4	H	2439	MEDIUM THERMAL	0.43	2
2	5	J	2439	MEDIUM THERMAL	0.45	2
2	6	L	2439	MEDIUM THERMAL	0.44	2
2	7	N	2439	MEDIUM THERMAL	0.45	2
2	8	P	2439	MEDIUM THERMAL	0.46	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	623	-
R_work	0.305	12083	-
all	-	12706	-
obs	-	-	90.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5404	0.1335	0.2654	0.2816	0.0015	0.5233	-0.0352	0.1213	0.0393	-0.0134	0.0183	0.0617	-0.0085	-0.0532	0.0169	0.1507	-0.0097	-0.0001	0.0771	0.0116	0.1397	75.8723	-26.1219	82.6322
2	2.0146	-0.3177	0.782	0.6833	-0.3113	1.7259	0.0637	0.071	0.0077	-0.0295	-0.088	-0.1307	0.2016	0.4478	0.0244	0.0992	0.0543	0.0075	0.1944	0.0383	0.0837	103.7296	-29.7056	64.654
3	2.9127	-0.2929	0.1061	0.8675	-0.0335	0.9559	-0.0199	0.0455	0.1366	-0.0071	-0.0755	-0.0474	-0.0895	0.0869	0.0954	0.1646	-0.0067	-0.0039	0.1782	0.0183	0.0882	80.0009	-26.4258	11.7256
4	2.0742	-0.2182	1.098	0.6382	-0.0648	2.1102	0.0141	-0.1954	-0.0276	0.0015	-0.0315	0.2377	0.0155	-0.6039	0.0174	0.1554	0.0097	-0.0107	0.3343	-0.0481	0.1214	52.3899	-26.2649	29.9994
5	1.7148	0.0346	-0.3068	0.6117	0.0969	0.3814	0.0043	0.159	-0.0993	-0.0175	-0.0255	-0.0792	-0.006	0.0175	0.0212	0.1181	0.0112	0.0059	0.085	-0.0048	0.1371	80.4114	0.7189	82.4386
6	2.0685	-0.3752	-0.6479	0.5705	0.2767	1.7746	0.0476	0.1517	0.0241	0.0157	-0.0895	0.094	-0.1154	-0.4412	0.0419	0.1235	0.0487	-0.0062	0.2042	-0.0368	0.0725	52.3457	4.0871	64.7591
7	2.6538	-0.4137	-0.1659	0.6983	-0.0638	0.9896	-0.042	0.0162	-0.2455	-0.0359	0.0033	0.1142	0.1173	-0.0711	0.0387	0.1303	-0.0002	0.0249	0.1807	-0.0219	0.1241	76.6462	0.3588	11.8095
8	2.0173	-0.0559	-1.0343	0.8586	-0.1984	2.07	-0.048	-0.2413	0.0051	-0.0503	0.0393	-0.1722	0.0715	0.5824	0.0087	0.0759	0.0337	0.0262	0.3326	0.0216	0.1006	104.3892	0.7231	29.9449
9	1.6527	-0.0038	0.1261	0.6311	-0.0347	0.2324	0.0197	0.1887	0.0588	-0.0268	-0.0345	0.0689	-0.0219	-0.0117	0.0148	0.1528	0.0091	-0.0001	0.0882	-0.0065	0.1112	79.3629	26.5911	82.6333
10	2.1867	-0.4703	0.5656	0.6019	0.0115	1.8055	0.0546	0.0767	0.0076	0.0541	-0.0013	-0.0848	0.0736	0.3749	-0.0533	0.1178	0.0307	-0.01	0.1744	-0.0049	0.0634	106.0935	23.2212	62.7927
11	2.1307	-0.3756	0.186	0.5678	0.106	1.1556	-0.04	-0.1002	0.1065	-0.0535	0.0409	-0.0543	-0.1396	0.0291	-0.001	0.142	-0.0132	-0.0177	0.181	0.0136	0.1024	80.1311	25.9095	11.7567
12	2.8925	-0.0716	1.2145	0.9196	0.1741	1.8942	0.0155	-0.1247	0.0287	0.0198	-0.0631	0.301	-0.0143	-0.5862	0.0475	0.0392	0.0203	-0.0188	0.3795	-0.0335	0.1542	53.1634	25.4776	31.1939
13	1.6163	0.0249	-0.1431	0.4336	0.0285	0.3158	0.0139	0.1672	-0.0496	-0.0234	-0.0083	-0.0672	0.0008	0.0045	-0.0056	0.1535	-0.007	0.0043	0.0766	-0.0057	0.1293	77.0246	52.7111	82.2821
14	2.9252	-0.4441	-1.0704	0.8027	-0.0458	1.8717	0.071	0.1136	-0.0505	0.0255	-0.0184	0.1117	-0.1591	-0.4147	-0.0526	0.0955	0.0192	0.0074	0.1967	-0.0101	0.064	49.9634	56.0113	62.9875
15	1.6602	-0.2211	-0.0111	0.7724	-0.211	1.0773	0.0037	-0.1073	-0.0225	-0.0665	-0.0676	-0.0086	0.1136	0.0182	0.0639	0.1598	-0.0019	0.0172	0.1885	-0.029	0.0883	76.3549	52.721	11.6205
16	2.5701	-0.0051	-0.9722	1.0552	-0.0644	1.8367	0.0831	-0.1477	-0.047	-0.0154	-0.1329	-0.4919	-0.0343	0.6847	0.0499	0.1284	0.0048	0.0134	0.4201	0.0844	0.2341	103.0604	53.0632	31.6134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 266
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	30 - 266
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	28 - 266
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	0 - 266
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	0 - 266
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	28 - 266
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	0 - 266
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	27 - 266
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	0 - 266
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	29 - 266
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	0 - 266
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	30 - 266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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