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- PDB-3lyb: Structure of putative endoribonuclease(KP1_3112) from Klebsiella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lyb
タイトルStructure of putative endoribonuclease(KP1_3112) from Klebsiella pneumoniae
要素Putative endoribonuclease
キーワードHYDROLASE / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性RutC-like / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of putative endoribonuclease(KP1_3112) from Klebsiella pneumoniae
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative endoribonuclease
B: Putative endoribonuclease
C: Putative endoribonuclease
D: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8788
ポリマ－73,7174
非ポリマー1604
水50428
1
A: Putative endoribonuclease
B: Putative endoribonuclease
C: Putative endoribonuclease
D: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子

A: Putative endoribonuclease
B: Putative endoribonuclease
C: Putative endoribonuclease
D: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子

A: Putative endoribonuclease
B: Putative endoribonuclease
C: Putative endoribonuclease
D: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,63324
ポリマ－221,15212
非ポリマー48112
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area32180 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area59620 Å2
手法PISA
2
C: Putative endoribonuclease

A: Putative endoribonuclease
D: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3685
ポリマ－55,2883
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
3
B: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子

B: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子

B: Putative endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5299
ポリマ－55,2883
非ポリマー2406
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area5530 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.557, 166.557, 166.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-168-

HOH

21B-169-

HOH

詳細Trimer or higher assembly(nonamer)

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要素

#1: タンパク質
Putative endoribonuclease


分子量: 18429.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: NTUH-K2044 / 遺伝子: KP1_3112 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4X9E0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Na-Hepes pH 7.5, 28% PEG 400, 02.M CaCl2, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 22307 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.276 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.65-2.7210.68710970.968100
2.7-2.7421.10.59110900.984100
2.74-2.821.20.49311211.015100
2.8-2.8521.30.45311051.035100
2.85-2.9221.40.41510901.014100
2.92-2.9821.50.34911131.069100
2.98-3.0621.70.2911261.059100
3.06-3.1421.80.24810781.093100
3.14-3.23220.20111281.09100
3.23-3.34220.1610871.136100
3.34-3.4622.20.12811191.141100
3.46-3.622.30.10811211.256100
3.6-3.7622.20.09510981.295100
3.76-3.96220.0911311.423100
3.96-4.21220.07911141.456100
4.21-4.5321.70.06711161.481100
4.53-4.9821.50.05811211.271100
4.98-5.720.40.06111291.586100
5.7-7.1822.10.0711402.122100
7.18-4020.90.05311831.945100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.66→37.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.188 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 9.55 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.543 / SU Rfree: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.543 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1123 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 22232 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.26 Å2 / Biso mean: 40.752 Å2 / Biso min: 3.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→37.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4258 0 4 28 4290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.965978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.555536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.75523.246191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.44515665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4721532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0223360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8071.52711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52224420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94231661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2984.51558
LS精密化 シェル解像度: 2.658→2.726 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 72 -
Rwork0.219 1572 -
all-1644 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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