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万見
- PDB-3lwm: Structure of the large fragment of thermus aquaticus DNA polymera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lwm
タイトルStructure of the large fragment of thermus aquaticus DNA polymerase I in complex with a blunt-ended DNA and ddATP
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(2DA))-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA polymerase I, thermostable
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA replication / DNA polymerases / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / amino acid-templating mechanism / Nucleotidyltransferase / Transferase / TRANSFERASE-DNA complex / blunt-ended DNA / template-independent DNA synthesis / terminal deoxynucleotidyl transferase / template-independent nucleotide addition
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / hydrolase activity, acting on ester bonds / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.186 Å
データ登録者Marx, A. / Diederichs, K. / Obeid, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Replication through an abasic DNA lesion: structural basis for adenine selectivity
著者: Obeid, S. / Blatter, N. / Kranaster, R. / Schnur, A. / Diederichs, K. / Welte, W. / Marx, A.
履歴
登録2010年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(2DA))-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,53718
ポリマ－68,2493
非ポリマー1,28815
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.592, 109.592, 91.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

ACT

21A-3-

ACT

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 60936.965 Da / 分子数: 1 / 断片: KLENOW FRAGMENT, UNP residues 293-832 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: pol1, polA / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(2DA))-3')


分子量: 3641.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 3670.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA

-
非ポリマー , 6種, 169分子

#4: 化合物 ChemComp-DDS / 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate / ddATP


分子量: 475.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O11P3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.05M TRIS HCl, pH 8, 0.2M ammonium chloride, 0.01M calcium chloride and 35% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月18日
詳細: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.186→50 Å / Num. obs: 32557 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.61 % / Biso Wilson estimate: 42.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 18.96
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 8.08 % / Rmerge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique all: 4863 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.6_289位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KTQ

3ktq


解像度: 2.186→47.455 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.843 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 1639 5.03 %RANDOM
Rwork0.1834 ---
all0.1857 32553 --
obs0.1857 32553 98.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.855 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 182.08 Å2 / Biso mean: 52.4 Å2 / Biso min: 14.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.176 Å20 Å2-0 Å2
2--2.176 Å20 Å2
3----4.352 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.186→47.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4276 485 80 154 4995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8516835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1481917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1859-2.25020.3083990.26082161X-RAY DIFFRACTION83
2.2502-2.32290.31331400.24242517X-RAY DIFFRACTION98
2.3229-2.40590.29951170.22652600X-RAY DIFFRACTION100
2.4059-2.50220.27971240.21242648X-RAY DIFFRACTION100
2.5022-2.61610.27451440.20352555X-RAY DIFFRACTION100
2.6161-2.7540.25461490.19912585X-RAY DIFFRACTION100
2.754-2.92650.2461360.1972605X-RAY DIFFRACTION100
2.9265-3.15240.25151320.1842607X-RAY DIFFRACTION100
3.1524-3.46960.21531450.17742618X-RAY DIFFRACTION100
3.4696-3.97140.2031570.16072618X-RAY DIFFRACTION100
3.9714-5.00270.19691400.15212660X-RAY DIFFRACTION100
5.0027-47.46590.18471560.16212740X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71560.5479-0.23931.031-0.54471.4843-0.0890.1275-0.1115-0.04370.0589-0.2013-0.1513-0.19750.00190.1569-0.07660.04070.156-0.01030.13936.1337-26.1597-9.1061
23.4787-1.01480.02213.459-0.31110.0327-0.1548-0.37970.17560.7460.4264-0.0369-0.9634-0.5499-0.32720.58850.32490.06020.88230.0150.17057.035-13.4529-3.3222
30.86260.09730.33350.66060.14591.2148-0.20.2479-0.0482-0.24650.2650.0372-0.1045-0.6336-0.09110.1281-0.08110.00340.41710.02630.050819.036-26.2055-14.8654
42.5249-0.68451.15782.4766-2.46762.6790.03420.3413-0.05040.2826-0.2943-0.2316-0.39270.20790.24590.1621-0.0092-0.0240.1830.01910.160937.1607-23.21864.2743
52.6091.30181.3381.39290.01262.6524-0.3489-0.0128-0.34510.02120.3084-0.2301-0.19530.13770.02440.15460.0565-0.040.2480.01510.185138.5396-24.26595.6104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 295:627)A295 - 627
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 628:697)A628 - 697
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 698:832)A698 - 832
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 101:112)B101 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 204:216)C204 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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