+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lwg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of HP0420-homologue C46A from helicobacter felis | ||||||
要素 | HP0420 homologue | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Helicobacter / hotdog-fold / structural genomics | ||||||
機能・相同性 | Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / membrane => GO:0016020 / Roll / Alpha Beta / HP0420 homologue 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter felis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ha, N.-C. / Piao, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010 タイトル: Crystal structure and functional insight of HP0420-homolog from Helicobacter felis 著者: Piao, S. / Jin, X.L. / Yun, B.-Y. / Kim, N. / Cho, H.-S. / Fukuda, M. / Lee, H. / Ha, N.-C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lwg.cif.gz | 63.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3lwg.ent.gz | 46.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lwg_validation.pdf.gz | 431.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3lwg_full_validation.pdf.gz | 436.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lwg_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lwg_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16066.624 Da / 分子数: 2 / 変異: C46A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter felis (バクテリア) / プラスミド: pROEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5MNX9*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.01M Cobalt(II)chloride hexahydrate, 0.1M MES pH6.5, 1.8M ammonium sulfate., EVAPORATION, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月1日 / 詳細: Double mirror |
放射 | モノクロメーター: Double mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 23917 / Num. obs: 23847 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1165 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3LW3 解像度: 1.8→48.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 49922.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9767 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.9 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.52 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|