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- PDB-3lva: Crystal structure of colorless GFP-like protein from Aequorea coe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lva
タイトルCrystal structure of colorless GFP-like protein from Aequorea coerulescens
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / chromophore biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea coerulescens (おわんくらげ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z. / Pletnev, S.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural evidence for a dehydrated intermediate in green fluorescent protein chromophore biosynthesis.
著者: Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z. / Lukyanov, K.A. / Gurskaya, N.G. / Goryacheva, E.A. / Martynov, V.I. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
履歴
登録2010年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 3.02026年3月18日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0417
ポリマ－53,5762
非ポリマー4645
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0417
ポリマ－53,5762
非ポリマー4645
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_545x-y,-y-1,-z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.496, 74.496, 325.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-431-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 26788.100 Da / 分子数: 2 / 変異: I11V,Y64L,K101E,T206A,E222G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea coerulescens (おわんくらげ)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q6YGZ0
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M K/Na tartrate 0.1 M Na citrate 2.0 M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 92157 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.51→1.57 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Num. unique all: 8911 / Χ2: 0.85 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→29.091 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.863 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1724 2.05 %
Rwork0.144 --
obs0.145 83894 96.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.872 Å2 / ksol: 0.488 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.27 Å2 / Biso mean: 28.36 Å2 / Biso min: 11.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.387 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.387 Å2-0 Å2
3----0.774 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3756 0 29 419 4204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82713856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5321918
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5440.3151470.2026619676696
1.544-1.5940.2411270.176788691597
1.594-1.6510.2711260.1536912703899
1.651-1.7170.251420.1486931707399
1.717-1.7950.2091220.13869997121100
1.795-1.890.231480.13769847132100
1.89-2.0080.1941590.13670547213100
2.008-2.1630.211520.14570417193100
2.163-2.3810.1771470.14171027249100
2.381-2.7250.1911510.147092724399
2.725-3.4320.1811410.1446907704895
3.432-29.0960.1891620.1375741590375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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