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万見
- PDB-3lup: Crystal structure of fatty acid binding DegV family protein SAG13... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lup
タイトルCrystal structure of fatty acid binding DegV family protein SAG1342 from Streptococcus agalactiae
要素DegV family protein
キーワードstructure genomics / unknown function / PSI-2 / MCSG / Structural Genomics / fatty acid binding / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-OCTADECENOIC ACID / DegV family protein / DegV family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chang, C. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of fatty acid binding DegV family protein SAG1342 from Streptococcus agalactiae
著者: Chang, C. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62025年7月23日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegV family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9733
ポリマ－31,5981
非ポリマー3752
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.321, 84.205, 87.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DegV family protein


分子量: 31598.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: 2603V/R / 遺伝子: SAG1342 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8DYY0, UniProt: D4AEP8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ELA / Elaidic acid / 9-OCTADECENOIC ACID / エライジン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16 M MgCl2, 80 mM Tris-Cl, 24 % PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97931
シンクロトロンAPS 19-ID20.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.979451
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 8910 / Num. obs: 8910 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / Num. unique all: 411 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
CNS精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 27.679 / SU ML: 0.26 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26525 422 4.8 %RANDOM
Rwork0.19727 ---
all0.20019 8870 --
obs0.20019 8870 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.08 Å20 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2165 0 26 42 2233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9823007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4665282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25525.91493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.19115387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.081156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4591.51402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91722250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4953822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5664.5757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.653→2.722 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 33 -
Rwork0.262 581 -
obs-614 97.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8583-0.31241.64490.7314-0.42535.5444-0.11340.10170.0406-0.12060.0122-0.0182-0.1325-0.00560.10120.062-0.00070.00620.0380.04010.0681-0.082740.8420.8019
21.56420.22470.83033.6012-0.24332.7344-0.0317-0.173-0.00940.12420.0285-0.02390.1209-0.02870.00320.058-0.0011-0.01050.05990.0290.02916.044634.599241.2842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2A156 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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