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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lua | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Signal receiver domain of Two component Signal Transduction (Histidine Kinase) from Clostridium thermocellum | ||||||
![]() | Response regulator receiver protein | ||||||
![]() | Transcription regulator / Two-component signal transduction system / Histidine Kinase / Phosphorelay / Receiver domain / 11201g / NYSGXRC / PSI-II / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a Signal receiver domain of Two component Signal Transduction (Histidine Kinase) from Clostridium thermocellum 著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16491.611 Da / 分子数: 1 / 断片: signal receiver domain residues 2-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Top10 (Invitrogen) 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 27405/DSM 1237 / 遺伝子: 4809959, Cthe_3085 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Sodium acetate pH 7.0, 20% PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 26360 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 2615 / Rsym value: 0.779 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.04
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