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- PDB-3ltu: 5-SeMe-dU containing DNA 8mer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ltu
タイトル5-SeMe-dU containing DNA 8mer
要素5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(T5S)P*AP*CP*AP*C)-3'
キーワードDNA / oligonucleotide / 5-SeMe / selenium / 5-methoxy-uridine
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sheng, J. / Hassan, A.E.A. / Zhang, W. / Gan, J. / Huang, Z.
引用ジャーナル: Chemistryselect / 年: 2023
タイトル: Synthesis of Pyrimidine Modified Seleno-DNA as a Novel Approach to Antisense Candidate
著者: Fang, Z. / Dantsu, Y. / Chen, C. / Zhang, W. / Huang, Z.
履歴
登録2010年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年6月13日Group: Database references
改定 1.32012年9月26日Group: Database references
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(T5S)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5851
ポリマ－2,5851
非ポリマー00
水68538
1
A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(T5S)P*AP*CP*AP*C)-3'

A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(T5S)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1692
ポリマ－5,1692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
Buried area1930 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area2950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.078, 43.078, 23.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(T5S)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量: 2584.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized by solid phase synthesizer. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% v / v MPD, 40 mM Na Cacodylate pH 6.0, 12 mM Spermine tetra-HCl, 80 mM Sodium Chloride, 20 mM Magnesium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 4766 / Num. obs: 4661 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 14.5 / Num. unique all: 446 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DNS

1dns


解像度: 1.4→30.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.465 / SU ML: 0.03 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20041 212 4.6 %RANDOM
Rwork0.17477 ---
obs0.17584 4421 97.83 %-
all-4519 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.061 Å0.059 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 163 0 38 201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.021182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1083278
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1290.260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2710.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7353263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9764.5278
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 12 -
Rwork0.161 321 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1441-0.11490.07536.3663-0.14950.0406-0.0140.01830.0258-0.32130.01110.0113-0.02360.01880.0030.07190.01470.00550.038-0.00060.04733.903120.212616.8362
23.48462.5919-0.84654.0041-1.09341.9687-0.0736-0.0286-0.0367-0.17120.0940.02640.14410.0326-0.02040.0450.005-0.01060.0206-0.00280.034429.24324.694814.0775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 4
2X-RAY DIFFRACTION2A5 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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