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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3ltc
タイトル
X-ray structure of a non-biological ATP binding protein determined in the presence of 10 mM ATP at 2.0 A by multi-wavelength anomalous dispersion
要素
ATP BINDING PROTEIN-DX
キーワード
DE NOVO PROTEIN / ALPHA/BETA FOLD / BENT ATP / NON-BIOLOGICAL PROTEIN
機能・相同性
Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #210 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11912 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.833
反射 シェル
解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SOLVE
位相決定
REFMAC
5.5
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→25.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.133 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.108 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN PHASING. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.211
594
5 %
RANDOM
Rwork
0.179
-
-
-
obs
0.18
11912
100 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK