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- PDB-3lsx: Piracetam bound to the ligand binding domain of GluA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lsx
タイトルPiracetam bound to the ligand binding domain of GluA3
要素GluA3 S1S2 domain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / glutamate receptor / GluR3 / GluA3 / AMPA receptor / neurotransmitter receptor / S1S2 / allosteric modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Trafficking of AMPA receptors / Trafficking of AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / protein heterotetramerization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / Activation of AMPA receptors ...Activation of AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Trafficking of AMPA receptors / Trafficking of AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / protein heterotetramerization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / Activation of AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / synaptic cleft / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / perikaryon / protein homotetramerization / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynaptic density / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / protein-containing complex / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / 2-(2-oxopyrrolidin-1-yl)acetamide / Glutamate receptor 3 / Glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Ahmed, A.H. / Oswald, R.E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Piracetam Defines a New Binding Site for Allosteric Modulators of alpha-Amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole-propionic Acid (AMPA) Receptors.
著者: Ahmed, A.H. / Oswald, R.E.
履歴
登録2010年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GluA3 S1S2 domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3114
ポリマ－28,9561
非ポリマー3553
水6,323351
1
A: GluA3 S1S2 domain
ヘテロ分子

A: GluA3 S1S2 domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6228
ポリマ－57,9132
非ポリマー7096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2020 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.364, 47.655, 137.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-295-

HOH

21A-306-

HOH

31A-312-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GluA3 S1S2 domain


分子量: 28956.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ), (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19492, UniProt: Q9Z2W9
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-PZI / 2-(2-oxopyrrolidin-1-yl)acetamide / ピラセタム


分子量: 142.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16-18% PEG8K, 0.1 M Na Cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月8日
放射モノクロメーター: RH COATED SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19729 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 18.093
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DP6

3dp6


解像度: 2.006→45.044 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 1886 9.56 %
Rwork0.1684 --
obs0.1736 19729 90.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.045 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0703 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6904 Å2-0 Å2
3---0.6201 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.006→45.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 21 351 2403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4572843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.514787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.006-2.05970.22411220.17131159X-RAY DIFFRACTION78
2.0597-2.12030.23851340.16611269X-RAY DIFFRACTION86
2.1203-2.18880.23211350.16761260X-RAY DIFFRACTION86
2.1888-2.2670.22821380.16881277X-RAY DIFFRACTION85
2.267-2.35780.23391330.17731302X-RAY DIFFRACTION88
2.3578-2.46510.26031360.18381316X-RAY DIFFRACTION89
2.4651-2.5950.23911420.18021356X-RAY DIFFRACTION90
2.595-2.75760.24411430.17111376X-RAY DIFFRACTION92
2.7576-2.97050.24461530.1681418X-RAY DIFFRACTION94
2.9705-3.26930.20731540.1691460X-RAY DIFFRACTION97
3.2693-3.74220.20141600.15471520X-RAY DIFFRACTION99
3.7422-4.7140.19781630.14191532X-RAY DIFFRACTION99
4.714-45.05550.20131730.17621598X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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