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- PDB-3ls3: Padron0.9-ON (fluorescent state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ls3
タイトルPadron0.9-ON (fluorescent state)
要素Padron0.9
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / cis-trans isomerisation
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / SPERMIDINE
機能・相同性情報
生物種Pectiniidae (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Brakemann, T. / Weber, G. / Trowitzsch, S. / Wahl, M.C. / Jakobs, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Molecular basis of the light-driven switching of the photochromic fluorescent protein Padron.
著者: Brakemann, T. / Weber, G. / Andresen, M. / Groenhof, G. / Stiel, A.C. / Trowitzsch, S. / Eggeling, C. / Grubmuller, H. / Hell, S.W. / Wahl, M.C. / Jakobs, S.
履歴
登録2010年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Padron0.9
B: Padron0.9
C: Padron0.9
D: Padron0.9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,31915
ポリマ－107,8944
非ポリマー1,42511
水12,250680
1
A: Padron0.9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3034
ポリマ－26,9741
非ポリマー3293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Padron0.9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2643
ポリマ－26,9741
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Padron0.9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3564
ポリマ－26,9741
非ポリマー3833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Padron0.9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3964
ポリマ－26,9741
非ポリマー4223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.855, 103.806, 121.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Padron0.9


分子量: 26973.525 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pectiniidae (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 35% PEG 400, 5% PEG 3000, 0.1M Hepes, 10% glycerol, 0.1M spermidine, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 109915 / Num. obs: 110246 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 10889 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IOV

2iov


解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.649 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19996 5479 5 %RANDOM
Rwork0.16782 ---
obs0.16946 104188 99.31 %-
all-104912 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.686 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20 Å2
2---1.93 Å20 Å2
3---2.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6997 0 95 680 7772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0217806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.96310587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1625995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.58924.301379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65151346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3471534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7831.54607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47127481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51433199
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0414.53065
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.695 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 412 -
Rwork0.293 7271 -
obs-7271 95.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.015-0.0748-0.21941.17220.24131.16930.0437-0.25080.03820.241-0.0179-0.2592-0.04940.293-0.02580.1036-0.039-0.0830.161-0.00680.0953-17.14621.783-25.849
21.02410.3584-0.2240.95220.03860.4732-0.01980.0857-0.1755-0.060.0253-0.27490.00380.1091-0.00550.02560.00240.02640.0877-0.00030.1374-15.158.264-54.283
30.5683-0.18080.15621.32370.4760.7238-0.0039-0.12640.03670.2392-0.11250.29370.0694-0.08760.11640.1407-0.04250.04850.1284-0.0330.0803-47.80619.571-27.68
40.7199-0.03470.06541.1145-0.11290.60170.03560.0501-0.1041-0.0897-0.03670.1630.0685-0.00840.00110.0794-0.008-0.02610.07220.00060.0562-45.9833.18-54.393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4D-8 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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