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- PDB-3lnm: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lnm
タイトルF233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera channel
要素
  • F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
  • Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / voltage-gated potassium channel-beta subunit complex / Acetylation / Cytoplasm / Ion transport / Ionic channel / NADP / Phosphoprotein / Potassium / Potassium transport / Transport / Voltage-gated channel / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Potassium channel / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


optic nerve structural organization / pinceau fiber / regulation of action potential / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of motor neuron apoptotic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / clustering of voltage-gated potassium channels / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex ...optic nerve structural organization / pinceau fiber / regulation of action potential / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of motor neuron apoptotic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / clustering of voltage-gated potassium channels / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex / positive regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of catecholamine secretion / NADPH oxidation / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / paranodal junction / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / potassium ion export across plasma membrane / cholinergic synapse / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / proximal dendrite / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / aldo-keto reductase (NADPH) activity / delayed rectifier potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / vesicle docking involved in exocytosis / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of potassium ion transmembrane transport / myoblast differentiation / postsynaptic specialization membrane / glutamate receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / response to L-glutamate / optic nerve development / action potential / neuronal cell body membrane / regulation of dopamine secretion / kinesin binding / lamellipodium membrane / calyx of Held / voltage-gated potassium channel activity / neuronal action potential / lateral plasma membrane / positive regulation of protein targeting to membrane / response to axon injury / negative regulation of insulin secretion / potassium channel regulator activity / cellular response to nutrient levels / hematopoietic progenitor cell differentiation / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / dendrite membrane / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / cellular response to calcium ion / SNARE binding / protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / postsynaptic density membrane / potassium ion transport / protein homooligomerization / sarcolemma / cerebral cortex development / cytoplasmic side of plasma membrane / lamellipodium / glucose homeostasis / presynaptic membrane / perikaryon / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / cytoskeleton / endosome / neuron projection / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv2.1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv2 / Kv2 voltage-gated K+ channel / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv ...Potassium channel, voltage dependent, Kv2.1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv2 / Kv2 voltage-gated K+ channel / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Helix Hairpins - #70 / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-PGW / Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / isomorphous to the wild-type structure / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tao, X. / Lee, A. / Limapichat, W. / Dougherty, D.A. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: A gating charge transfer center in voltage sensors.
著者: Tao, X. / Lee, A. / Limapichat, W. / Dougherty, D.A. / MacKinnon, R.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
D: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,04229
ポリマ－192,4284
非ポリマー11,61525
水4,378243
1
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

D: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
ヘテロ分子

D: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
ヘテロ分子

D: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
ヘテロ分子

D: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,60736
ポリマ－384,8558
非ポリマー6,75228
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_564-x,-y+1,z-11
crystal symmetry operation3_554-y+1/2,x+1/2,z-11
crystal symmetry operation4_454y-1/2,-x+1/2,z-11
2
B: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

B: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

B: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

B: F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,56380
ポリマ－384,8558
非ポリマー39,70872
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.271, 144.271, 284.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

K

21B-502-

K

31B-503-

K

41B-504-

K

51B-505-

K

61D-501-

K

71D-502-

K

81D-503-

K

91D-504-

K

101D-505-

K

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / K(+) channel subunit beta-2 / Kv-beta-2


分子量: 37353.086 Da / 分子数: 2 / 断片: subunit beta-2 core / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ckbeta2, Kcnab2, Kcnb3 / プラスミド: picZ / 発現宿主: pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163H / 参照: UniProt: P62483
#2: タンパク質 F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2 / RBK2 / RCK5 / RAK


分子量: 58860.711 Da / 分子数: 2 / Mutation: C31S, C32S, N207Q, F233W, C431S, C478S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcna2 / プラスミド: picZ / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163H / 参照: UniProt: P63142, UniProt: P15387

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非ポリマー , 4種, 268分子

#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25-28% PEG 400, 50mM Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 8.3-8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 67020 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 6391

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: isomorphous to the wild-type structure
開始モデル: pdb entry 2R9R

2r9r


解像度: 2.9→49.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3407515.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3228 4.8 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 66928 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.9815 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.23 Å20 Å20 Å2
2---6.23 Å20 Å2
3---12.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-4 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10812 0 253 243 11308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 293 4.6 %
Rwork0.297 6117 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2nap.parcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5pgb_ro10.parnap.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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