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- PDB-3lmu: Crystal structure of DTD from Plasmodium falciparum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lmu
タイトルCrystal structure of DTD from Plasmodium falciparum
要素D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
キーワードHYDROLASE / DTD / IODIDE / DEACYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Gly-tRNA(Ala) hydrolase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / tRNA binding / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-aminoacyl-tRNA deacylase DTD / D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase / D-aminoacyl-tRNA deacylase-like superfamily / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / D-aminoacyl-tRNA deacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Manickam, Y. / Bhatt, T.K. / Khan, S. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure of D-tyrosyl-tRNATyr deacylase using home-source Cu Kalpha and moderate-quality iodide-SAD data: structural polymorphism and HEPES-bound enzyme states
著者: Yogavel, M. / Khan, S. / Bhatt, T.K. / Sharma, A.
履歴
登録2010年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年9月16日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_site
Item: _struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
B: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
C: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
D: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
E: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
F: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
G: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
H: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,16434
ポリマ－153,8658
非ポリマー3,30026
水00
1
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
B: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2288
ポリマ－38,4662
非ポリマー7616
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
2
C: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
D: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,73512
ポリマ－38,4662
非ポリマー1,26910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
3
E: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
F: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1017
ポリマ－38,4662
非ポリマー6355
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
4
G: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
H: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1017
ポリマ－38,4662
非ポリマー6355
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.18, 77.18, 214.52
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLYGLYchain A and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )AA1 - 101 - 10
12ILEILEILEILEchain A and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )AA30 - 5530 - 55
13TYRTYRTHRTHRchain A and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )AA81 - 9081 - 90
14GLUGLUILEILEchain A and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )AA111 - 155111 - 155
21METMETGLYGLYchain B and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )BB1 - 101 - 10
22ILEILEILEILEchain B and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )BB30 - 5530 - 55
23TYRTYRTHRTHRchain B and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )BB81 - 9081 - 90
24GLUGLUILEILEchain B and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )BB111 - 155111 - 155
31METMETGLYGLYchain C and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )CC1 - 101 - 10
32ILEILEILEILEchain C and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )CC30 - 5530 - 55
33TYRTYRTHRTHRchain C and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )CC81 - 9081 - 90
34GLUGLUILEILEchain C and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )CC111 - 155111 - 155
41METMETGLYGLYchain D and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )DD1 - 101 - 10
42ILEILEILEILEchain D and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )DD30 - 5530 - 55
43TYRTYRTHRTHRchain D and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )DD81 - 9081 - 90
44GLUGLUILEILEchain D and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )DD111 - 155111 - 155
51METMETGLYGLYchain E and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )EE1 - 101 - 10
52ILEILEILEILEchain E and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )EE30 - 5530 - 55
53TYRTYRTHRTHRchain E and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )EE81 - 9081 - 90
54GLUGLUILEILEchain E and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )EE111 - 155111 - 155
61METMETGLYGLYchain F and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )FF1 - 101 - 10
62ILEILEILEILEchain F and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )FF30 - 5530 - 55
63TYRTYRTHRTHRchain F and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )FF81 - 9081 - 90
64GLUGLUILEILEchain F and (resseq 1:10 or resseq 30:55 or resseq 81:90 or resseq 111:155 )FF111 - 155111 - 155

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.091624, -0.2883, 0.953147), (-0.304625, -0.903171, -0.302466), (0.948055, -0.318065, -0.005071)-28.819401, 58.2952, 45.6642
2given(-0.232799, 0.299865, 0.925141), (0.668606, -0.641459, 0.376161), (0.706237, 0.706124, -0.05116)-72.474197, 47.439701, -20.804199
3given(0.494037, 0.831534, -0.253927), (-0.756603, 0.267289, -0.596748), (-0.428345, 0.486938, 0.761191)-55.405602, 43.757702, -38.1819
4given(0.63094, 0.685332, -0.363641), (-0.698506, 0.297807, -0.650692), (-0.337646, 0.664553, 0.666607)-50.8246, 7.62969, -76.205803
5given(-0.162204, 0.491217, 0.855801), (0.554587, -0.671965, 0.490812), (0.816163, 0.554228, -0.163427)-98.685799, 90.058098, -4.38311

-
要素

#1: タンパク質
D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase


分子量: 19233.084 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: DTD, PF11_0095 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q8IIS0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: I

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 % / Mosaicity: 0.583 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月29日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 18914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 1.328 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Num. unique all: 1869 / Χ2: 1.125 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→33.958 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 971 5.15 %
Rwork0.185 --
obs0.189 18839 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.34 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 118.19 Å2 / Biso mean: 48.635 Å2 / Biso min: 18.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.12 Å2-0 Å20 Å2
2---7.12 Å20 Å2
3---14.241 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9253 0 26 0 9279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15412835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2133242
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A720X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
12B720X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
13C719X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
14D716X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
15E718X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
16F717X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.298-3.4710.2881440.21425342678100
3.471-3.6890.2781420.19725642706100
3.689-3.9730.2771440.18825142658100
3.973-4.3720.221250.15525952720100
4.372-5.0030.2011390.14825412680100
5.003-6.2970.2591280.18325632691100
6.297-33.960.2661490.1982557270699

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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