PDB-3llq: Aquaporin structure from plant pathogen Agrobacterium Tumerfaciens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3llq

タイトル

Aquaporin structure from plant pathogen Agrobacterium Tumerfaciens

要素

Aquaporin Z 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Aquaporin tetramer / water channel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS

機能・相同性

機能・相同性情報

water channel activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Liu, Q. / Hillerich, B. / Love, J. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Aquaporin structure from plant pathogen Agrobacterium Tumerfaciens
著者: Liu, Q. / Hillerich, B. / Love, J. / NYCOMPS

履歴

登録	2010年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3llq.cif.gz	93.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3llq.ent.gz	72.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3llq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3llq_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3llq_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	3llq_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	3llq_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3llq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3llq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rc2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2o9e-1 2o9d-3 2o9f-3 2o9f-1 3nka-2 3ne2-2 2af7-2 2abm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Aquaporin Z 2

B: Aquaporin Z 2

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aquaporin Z 2

B: Aquaporin Z 2

A: Aquaporin Z 2

B: Aquaporin Z 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.500, 102.231, 148.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

The biological assembly is a tetamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: x,-y+1,-z+1

#1: タンパク質	Aquaporin Z 2 分子量: 26803.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 株: C58 / 遺伝子: AGR_pAT_521, aqpZ2, Atu5361 / プラスミド: pNYCOMPS-LIC-FH10T+(N term) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q8UJW4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 35% PEG MME 2000, 1% beta-OG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97916 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月27日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 46220 / Num. obs: 43308 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1515 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.4.0067	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RC2

1rc2

解像度: 2.01→31.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 7.848 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21859	2201	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18803	-	-	-
all	0.1827	44107	-	-
obs	0.18959	41064	93.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→31.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3333	0	0	62	3395

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.022	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.86	1.948	4681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.941	5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.52	22.136	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.54	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.136	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.19	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.441	1.5	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.069	2	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.704	3	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.945	4.5	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.005→2.057 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	100	-
R_work	0.238	2093	-
obs	-	-	65.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3354	0.06	-0.0348	0.6107	-0.0446	0.1463	-0.0613	0.1256	-0.023	-0.1157	0.0862	-0.0041	0.028	0.0043	-0.0249	0.0954	-0.0592	0.0032	0.1053	-0.0097	0.0072	29.201	47.078	55.411
2	0.2586	0.0556	-0.1065	0.3903	-0.0471	0.2252	-0.0542	0.0286	0.1419	-0.0029	0.0854	0.004	-0.028	-0.0123	-0.0313	0.0675	-0.006	-0.0144	0.043	0.0196	0.0994	28.397	70.276	70.408

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 227
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-5 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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