PDB-3lj5: Full Length Bacteriophage P22 Portal Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lj5

タイトル

Full Length Bacteriophage P22 Portal Protein

要素

Portal protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / portal protein / DNA ejection / molecular motor / DNA packaging / Podoviridae / virus assembly / tail tube / trunk domain / Late protein

機能・相同性

viral DNA genome packaging, headful / Phage P22-like portal protein / Phage P22-like portal protein / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging / virion assembly / Portal protein

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage P22 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 7.497 Å

データ登録者

Olia, A.S. / Cingolani, G.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional structure of a viral genome-delivery portal vertex.
著者: Olia, A.S. / Prevelige, P.E. / Johnson, J.E. / Cingolani, G.

履歴

登録	2010年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lj5.cif.gz	3.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lj5.ent.gz	2.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lj5_validation.pdf.gz	547.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lj5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3lj5_validation.xml.gz	230.7 KB	表示
CIF形式データ	3lj5_validation.cif.gz	326.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3lj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3lj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v4kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jj3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

D: Portal protein

E: Portal protein

F: Portal protein

G: Portal protein

H: Portal protein

I: Portal protein

J: Portal protein

K: Portal protein

L: Portal protein

994 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	408.949, 408.949, 260.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1
11	1
12	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A
2	1	1	chain B
3	1	1	chain C
4	1	1	chain D
5	1	1	chain E
6	1	1	chain F
7	1	1	chain G
8	1	1	chain H
9	1	1	chain I
10	1	1	chain J
11	1	1	chain K
12	1	1	chain L

#1: タンパク質	Portal protein / Protein gp1 分子量: 82829.375 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-725 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 遺伝子: 1, gp1 / プラスミド: pET-22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26744

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% tert-Butanol, 70mM sodium chloride, 2.5% PEG 400, 0.1M sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月10日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射	モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 7.497→60 Å / Num. all: 27324 / Num. obs: 27188 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 236.6 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 7.5→7.67 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.777 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 7.497→59.484 Å / SU ML: 1.1 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2633	1877	7.34 %
R_work	0.1874	-	-
obs	0.193	25572	92.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 187.987 Å² / k_sol: 0.255 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 7.497→59.484 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	61512	0	0	0	61512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	62664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.168	85368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.557	21660
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	9552
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	11472

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	3	C	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	4	D	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	5	E	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	6	F	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	7	G	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	8	H	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	9	I	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	10	J	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	11	K	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	12	L	5126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
7.497-7.6991	0.3945	128	0.2808	1494	X-RAY DIFFRACTION	76
7.6991-7.9251	0.3292	135	0.2314	1690	X-RAY DIFFRACTION	87
7.9251-8.1803	0.3194	136	0.2065	1728	X-RAY DIFFRACTION	89
8.1803-8.4719	0.285	135	0.179	1775	X-RAY DIFFRACTION	91
8.4719-8.81	0.277	143	0.1553	1836	X-RAY DIFFRACTION	93
8.81-9.2096	0.2099	141	0.1244	1827	X-RAY DIFFRACTION	95
9.2096-9.6932	0.2161	151	0.114	1901	X-RAY DIFFRACTION	96
9.6932-10.2976	0.1897	150	0.1047	1878	X-RAY DIFFRACTION	96
10.2976-11.088	0.1986	149	0.1036	1868	X-RAY DIFFRACTION	96
11.088-12.1951	0.177	153	0.1044	1915	X-RAY DIFFRACTION	97
12.1951-13.9399	0.232	152	0.1312	1896	X-RAY DIFFRACTION	97
13.9399-17.4885	0.2939	155	0.2326	1929	X-RAY DIFFRACTION	97
17.4885-59.4863	0.3455	149	0.3622	1958	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0401	-0.1572	0.0278	0.0696	-0.2185	-0.1927	-0.3018	-0.0414	0.6006	0.1447	-0.3117	-0.4946	-1.0196	-0.0872	0.6513	0.5518	0.177	-0.3173	0.1433	0.0653	0.7046	123.5162	52.9783	58.0463
2	-0.1868	0.0536	0.3098	0.0991	0.1495	0.2652	-0.1638	-0.013	0.6471	0.1344	-0.1927	-0.1907	-0.4043	0.0147	0.0994	0.4013	-0.0163	-0.3522	0.4896	0.0529	0.5322	145.417	50.8197	51.5737
3	0.2722	0.05	0.0278	0.4568	-0.2879	-0.1263	-0.2576	0.0426	0.4197	-0.0328	-0.287	-0.0582	-0.318	0.2645	-0.4669	0.2883	0.0291	-0.3458	0.4958	0.1706	0.7357	160.9255	45.9518	35.3452
4	0.2039	0.036	0.109	0.3756	-0.0736	-0.0777	0.1183	0.0642	0.6363	-0.1425	0.0214	-0.0953	-0.248	0.1062	0.3255	0.1522	0.1778	-0.0344	0.2333	0.0797	0.6263	165.8911	38.9615	13.9533
5	0.0363	0.0779	0.0102	0.2024	-0.576	-0.5106	0.3463	-0.1742	0.1886	-0.2804	0.0545	-0.1352	-0.6794	0.1405	0.3257	0.0997	-0.0181	0.1722	0.2547	0.0197	0.5736	158.9201	32.6384	-6.6357
6	-0.1044	-0.0984	-0.2338	0.3313	-0.5137	-0.0845	-0.1022	0.2043	0.2225	-0.2549	-0.0192	-0.0925	-0.8423	0.2549	0.2271	0.4327	-0.1803	0.2102	0.2869	0.023	0.324	141.9107	27.7935	-21.1957
7	-0.1506	0.2405	-0.0172	0.4926	-0.4999	0.0881	0.2814	0.1937	0.3677	-0.1868	0.253	0.2741	-0.5939	-0.1199	0.8313	0.264	-0.0419	0.0219	0.1694	0.1471	0.1839	119.6432	25.8902	-25.7456
8	0.0363	-0.0347	0.0523	0.4221	-0.134	0.0295	-0.0231	-0.0188	0.0422	-0.0628	0.0304	0.1089	-0.1829	0.0517	0.2767	0.2925	-0.2202	-0.017	0.2372	0.1112	0.3358	97.7587	27.6597	-19.2062
9	0.1619	-0.0502	0.2001	0.7939	-0.6787	0.4715	-0.0451	0.1027	0.1591	0.0615	0.2739	0.2156	-0.5038	-0.1753	0.8007	0.3204	-0.1851	-0.0062	0.3616	0.1394	0.1303	82.3214	32.7154	-3.04
10	0.0936	0.0343	0.0374	0.2376	-0.4898	0.0067	0.1073	0.1954	0.2549	0.0098	0.091	0.1086	-0.3744	-0.1598	0.5654	0.1204	0.0088	0.1044	0.2658	0.1155	0.2569	77.3618	39.5806	18.1579
11	-0.1109	-0.0943	0.0733	0.491	-0.0697	0.0503	0.1488	0.1138	0.5833	-0.0779	0.1746	-0.086	-0.2167	-0.1895	0.7817	0.3798	0.1839	0.0163	0.4087	0.1961	0.371	84.1888	46.1404	38.8714
12	-0.0216	-0.1189	0.0671	0.1878	0.0029	0.1972	-0.0559	0.0323	0.0469	-0.0823	-0.0748	-0.0518	-0.288	0.0343	0.2852	0.4349	-0.0232	-0.1383	0.201	-0.0304	0.3561	101.4477	51.0982	53.4586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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