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- PDB-3liy: crystal structure of HTLV protease complexed with Statine-contain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3liy
タイトルcrystal structure of HTLV protease complexed with Statine-containing peptide inhibitor
要素
  • Protease
  • statine-containing inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Statine / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(ACE)APQV(STA)VMHP peptide Inhibitor / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J. / Kiso, Y. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
著者: Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J.T. / Kiso, Y. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.
履歴
登録2010年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
I: statine-containing inhibitor
C: Protease
D: Protease
J: statine-containing inhibitor
E: Protease
F: Protease
K: statine-containing inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,90512
ポリマ－78,5869
非ポリマー3183
水5,062281
1
E: Protease
F: Protease
K: statine-containing inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3024
ポリマ－26,1953
非ポリマー1061
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
2
C: Protease
D: Protease
J: statine-containing inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3024
ポリマ－26,1953
非ポリマー1061
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
3
A: Protease
B: Protease
I: statine-containing inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3024
ポリマ－26,1953
非ポリマー1061
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.690, 77.395, 80.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Protease


分子量: 12566.579 Da / 分子数: 6 / 変異: L40I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
遺伝子: prt / プラスミド: pHTLVdelta9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q82134
#2: タンパク質・ペプチド statine-containing inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1062.303 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: (ACE)APQV(STA)VMHP peptide Inhibitor
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE INHIBITOR IS OBTAINED FROM ASSOCIATED PUBLICATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 17% PEG8000, 16% PEG300 and 10mM DTT, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 66670 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5985 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
REFMAC5.5.0104精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2B7F

2b7f


解像度: 1.86→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.072 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22195 2021 3 %RANDOM
Rwork0.18788 ---
obs0.18896 64618 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.926 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å20.58 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5498 0 21 281 5800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9957931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8335730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.89524.472199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84215952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9551531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0224165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.97823733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.16236146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.29822066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.31731778
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.861→1.909 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 119 -
Rwork0.252 4210 -
obs--87.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32560.26630.06351.68720.1320.08720.02510.0187-0.07290.0935-0.04970.0736-0.0213-0.01980.02460.038-0.00150.00170.06050.00010.014186.928955.705858.4139
21.47670.82880.13514.2716-0.07920.0216-0.18460.11880.0164-0.15050.1670.0049-0.01290.0070.01750.0324-0.02850.01380.0338-0.00510.0891119.930236.378258.4779
32.492-0.4916-0.05472.20920.20640.1367-0.014-0.09530.3613-0.0489-0.02450.04850.04690.01530.03850.03410.00510.00320.0317-0.01850.077287.043517.337258.3996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 116
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 116
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 116
5X-RAY DIFFRACTION3E1 - 116
6X-RAY DIFFRACTION3F1 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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