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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3li4 | ||||||
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タイトル | Diisopropyl fluorophosphatase (DFPase), N120D,N175D,D229N mutant | ||||||
![]() | Diisopropyl-fluorophosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta propeller / calcium binding / phosphotriesterase | ||||||
機能・相同性 | ![]() diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, J.C.-H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of the catalytic calcium-binding site in diisopropyl fluorophosphatase (DFPase)-Comparison with related beta-propeller enzymes. 著者: Blum, M.M. / Chen, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35121.695 Da / 分子数: 1 / 変異: N120D,N175D,D229N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 14% PEG 3350, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月25日 / 詳細: mirrors, double crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.21→23.481 Å / Num. all: 92487 / Num. obs: 69458 / % possible obs: 75.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.21→1.28 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. measured all: 4014 / Num. unique all: 2186 / Rsym value: 0.882 / % possible all: 16.7 |
-位相決定
Phasing MR | Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GVW 解像度: 1.35→23.481 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 38.558 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 34.5 Å2 / Biso mean: 12.762 Å2 / Biso min: 3.93 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→23.481 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å
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Xplor file |
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