PDB-3lgr: Xylanase II from Trichoderma reesei cocrystallized with tris-dipi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lgr

タイトル

Xylanase II from Trichoderma reesei cocrystallized with tris-dipicolinate europium

要素

Endo-1,4-beta-xylanase 2

キーワード

HYDROLASE / Europium tris-dipicolinate complex / Glycoprotein / Glycosidase / Xylan degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Pompidor, G. / Kahn, R. / Maury, O.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction.
著者: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R.

履歴

登録	2010年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lgr.cif.gz	61.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lgr.ent.gz	43.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lgr_validation.pdf.gz	425.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lgr_full_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示
XML形式データ	3lgr_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	3lgr_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pe7C 2pesC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dfm-1 3wp3-1 6jzp-d 2dfb-d 3r0f-1 1ref-2 3sh5-d 5k7p-d 6k9w-d 3wp3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase 2

ヘテロ分子

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.890, 38.370, 47.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- EU
2	1	A-304- PDC
3	1	A-304- PDC

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase 2 / Xylanase 2 / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase 2 分子量: 20838.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 遺伝子: xyn2 / 発現宿主: Trichoderma longibrachiatum (菌類) / 参照: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-EU / EUROPIUM ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 化合物	ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸分子量: 167.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CONTAINS A EU COMPLEXED WITH 3 PDC LIGANDS. THE COMPLEX IS LOCATED ...AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CONTAINS A EU COMPLEXED WITH 3 PDC LIGANDS. THE COMPLEX IS LOCATED ON A CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS. GIVEN THE SPECIAL POSITION, THE OCCUPANCY HAS BEEN SET TO 0.5 INSTEAD OF 1.0. THUS THE CLOSE CONTACTS BETWEEN THE ASYMMETRIC UNIT AND SYMMETRY UNIT ARE NOT PHYSICAL.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 35 % PEG 3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å

検出器

日付: 2007年7月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 7.5 / 数: 106992 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.045 / D res high: 1.635 Å / D res low: 19.514 Å / Num. obs: 23239 / % possible obs: 94

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.17	19.51	97.8	1	0.043	0.043	5.4
3.65	5.17	98.5	1	0.037	0.037	5.7
2.98	3.65	98.1	1	0.037	0.037	5.7
2.58	2.98	96.6	1	0.044	0.044	5.3
2.31	2.58	95.5	1	0.045	0.045	4.6
2.11	2.31	95.1	1	0.047	0.047	4.3
1.95	2.11	93.9	1	0.051	0.051	4.2
1.83	1.95	93.2	1	0.066	0.066	4.1
1.72	1.83	91.5	1	0.11	0.11	4.2
1.63	1.72	89.1	1	0.161	0.161	4.3

反射

解像度: 1.63→19.51 Å / Num. obs: 23239 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 20.2

反射シェル

解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 89.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 23225

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.05-100	59	0.783	510
4.78-6.05	52.1	0.916	510
4.18-4.78	57.7	0.909	502
3.78-4.18	57.7	0.907	516
3.48-3.78	53.6	0.912	573
3.24-3.48	53.6	0.912	607
3.04-3.24	56.1	0.901	647
2.88-3.04	57.1	0.877	686
2.74-2.88	54.2	0.88	730
2.61-2.74	55.7	0.874	738
2.51-2.61	53.8	0.866	763
2.41-2.51	57.5	0.874	818
2.33-2.41	54.8	0.878	826
2.25-2.33	56.2	0.852	840
2.18-2.25	59.2	0.868	887
2.12-2.18	56.4	0.871	909
2.06-2.12	62.2	0.861	944
2.01-2.06	58.5	0.843	945
1.96-2.01	61.6	0.829	956
1.91-1.96	60.8	0.837	976
1.87-1.91	59.8	0.824	1037
1.83-1.87	61.7	0.815	997
1.79-1.83	63.5	0.835	1053
1.76-1.79	64.8	0.826	1060
1.72-1.76	64.6	0.795	1078
1.69-1.72	66.7	0.772	1074
1.63-1.69	75.7	0.699	2043

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.64→19.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16768	1182	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1378	-	-	-
obs	0.1394	22042	94.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→19.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1480	0	39	354	1873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.021	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.086	1.921	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.421	3.001	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.396	5	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.516	24.103	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.588	15	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.875	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.031	0.02	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.238	1.5	943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.894	2	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.826	3	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.049	4.5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.637	3	3
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.635→1.677 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	74	-
R_work	0.26	1487	-
obs	-	-	87.4 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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